普通菜豆病害目前还没有理想的控制药物，主要通过抗病品种的选育、轮作换茬和其他一些栽培措施，减轻或防止病害流行。
普通花叶病毒病（BCMV）种传率达20%～50%；田间由蚜虫、白粉虱传毒。主要防治措施是早治蚜虫和白粉虱、轮作、采用抗病品种。
菜豆炭疽病，由真菌引起，在低温高湿（如14～18℃，100%的相对湿度）下易发病。主要症状为叶片出现锈色或略呈紫色的病斑，并逐渐变为黑褐色，叶柄和叶脉底面症状尤为明显。荚上病斑开始较小，但数目很多，呈棕红色，病斑中间有略呈圆形、边缘为暗棕色的晕圈，之后病斑渐大，最终直径可达6毫米。炭疽病对菜豆危害很大，最好的防病措施是采用抗病品种和轮作换茬。
菜豆疫病由细菌引起，在高温高湿条件下易发病。主要症状为早期叶片上出现小水浸斑，逐渐发展成大的棕色坏死斑。豆荚上的水浸斑发展较快，豆荚大部分面积可被侵占，呈砖红色。菜豆疫病主要是种传病害，使用无病菌种子很重要。另外，发病初期喷洒含铜杀菌剂，防治效果良好。