香港人文比佛利强调，构建阿米巴经营模式下的组织系统时，解决以下五个方面问题尤为重要：
一、阿米巴的组织定位
所谓定位，就是要明确阿米巴在企业整个组织系统下的地位。是不是正式的组织单元？它与原组织结构下的部门是什么关系？未来企业的经营管理活动是否以其为索引展开，如战略承接、经营计划与预算制定、流程设计、IT系统等？
二、阿米巴的划分
要正确划分阿米巴
首先，企业必须明确推行阿米巴模式的目的与愿景是什么。比如，有的B2B企业，客户需求变化和行业结构都很稳定，对市场的响应速度不是关键要素；而有的B2C企业，客户需求变化快，个性化程度高，速度和柔性决定生死存亡。又如，有的企业组织规模大，层级多，官僚化程度高，流程路径冗长，后台大量冗员，大企业病已成为企业发展的组织瓶颈；有的企业规模小，响应速度不是问题，缺的是上下一致共欲、共赢、共荣的机制。这些差异，要求企业在阿米巴划分、组建方式、层级设定、赋权程度方面进行真对性的设计，才能支持目的和愿景的实现。死板硬套别人的模式，解决不了自己企业的个性问题。
其次，我们建议企业在划分阿米巴之前，先对价值链活动进行识别、评估，不具备市场竞争力的非核心环节，要么外部化，要么开发内部市场，引入外部竞争倒逼薄弱环节加速优化提升。
再次，按照四个基本原则，以执行类增值业务活动为核心划分阿米巴，而不是以既定的部门结构为基础划分。
在划分的颗粒度上，要考虑细化后到得的好处是否能补偿由此增加的内部交易成本和管理成本，逐级有序推进。
在阿米巴层级设定上，尤其对规模较大的企业，要重点考虑逐步压缩阿米巴的层级结构，进而实现组织的扁平化。
在后台功能部门处理上，如财务、人力、战略、后勤、IT等，这类部门的共同特点是，投入可货币量化，但产出特别是高价值产出无法货币量化。企业在操作时，需审慎考量，1.是否适合简单化地设为利润中心？2.作为利润中心他们追求的利润对企业有无价值？3.如何让他们与前线业务阿米巴融为一体，不但要输送炮弹，还要参与战斗？......
三、阿米巴的组建
许多企业往往混淆阿米巴的划分和组建的概念。前者是搭台子的概念，后者是搭班子的概念，要解决规划哪些角色，选谁登台唱戏的问题。
阿米巴的组建重中之重要解决目标和利益的一致性，为此需要打破行政边界规划角色构成，打破企业边界选择成员，不颠覆段到段的常规思维，无法建立自组织的阿米巴。
四、阿米巴间的协同机制
无论以何种方式划分组建阿米巴，推行该模式的企业都会面对一个严峻的现实难题，即组织碎片化后的捏合与协同。这也是稻盛和夫在哲学理念上向员工灌输“利他思想”、“作为人何为正确”，在激励机制上淡化物质激励、强调精神激励的本质原因。
但在中国商业和社会文明环境下，不和员工分享阿米巴经营成果，不进行物质激励，模式根本推行不起来。既然必须搞物质激励，阿米巴作为利益主体，资源争夺、彼此博弈的潜在倾向必会产生。解决不好这个两难问题，组织要么在功利主义的驱动下变成一盘散沙，要么阿米巴经营变成一场玩数字游戏的闹剧，徒劳无益。
要破解难题不能单靠“作为人何为正确”的道义良知拷问，最重要的还要靠全盘的机制设计和技术工具的支撑，让人自觉选择“自利利他”的行动。
要将碎片化的阿米巴之间及前后台之间捏合起来，高效协同，企业需要建立三个基本的协同机制，即激励相容机制、市场倒逼机制和内部契约机制。
五、整体组织结构再造
最终，推行企业还要根据阿米巴划分组建方式及企业的战略要求，对整体组织结构进行优化或再造。包括整体组织形态选择、层级优化、部门撤并组合、职位与编制优化等。
大部分企业都是基于原有的部门职能构建组织结构，自以为在既定的组织框架下推行阿米巴容易在旧有的框架下打转。结构再造要基于客户和市场的需求。