1860年圆明园遭遇了「火劫」，英法联军
火烧圆明园，圆明园被抢被烧，当时建筑绝大多数被烧毁，花草树木也遭到严重损害。但由于方壶胜景、蓬岛瑶台等多处景观都建在水中，所以一些建筑保存得还相当完整，圆明园山形水系也并未破坏。但这场「火劫」却只是这座名园灾难的开始。
第二次是「木劫」，1900年
八国联军占领北京期间，圆明园里的太监勾结土匪、地痞，拆除建筑木料，砍伐大量古树，甚至把它们烧成木炭拿出去卖。这次的破坏主要是幸存建筑物被拆毁，古树破坏殆尽，但此时，圆明园的山形水系仍然没有遭到破坏。
北洋军阀时期，圆明园遭遇了「石劫」。当时，军阀、官僚、政客乘机对圆明园的石料巧取豪夺，民间也有人肆意取用圆明园的石料。因此，圆明园石刻文物被拆运到各地，南京静海寺的露陈墩、
钟山风景区谭延駇墓前的牡丹花坛都是圆明园文物。
而使圆明园的山形水系遭到破坏的是「土劫」。从民国年间开始，很多农民住进圆明园，为了发展生产，建造房屋，农民纷纷挖山取土。到上世纪80年代初，圆明园里有耕地、工厂、打靶场，住了2000多户人家，整个山形水系都被破坏了。