题主的这个问题有点语焉不详，说实话我没有听说或见过去世后扔鞋的风俗，不知道题主说的扔鞋是指的把鞋子丢掉不要，还是把鞋子抛向空中。
对于前者，我所了解到习惯，不能说是风俗，是在人去世后将一些贴身衣服或者丢掉不要，或者烧掉，这种习惯可能是古代由于没有正确的消毒观念遗留的习惯，因为很多死于疾病的人，他们遗留的衣物上附带有传染性，可能会感染其他接触者，于是就扔掉或者烧掉。至于这个代表什么我还真说不出什么深意来。
如果是后者，那就有含义了，不过不局限于扔已经去世的人都鞋子，一种含义是代表抗议，比如
小布什在伊拉克被扔鞋事件；另一种含义则是中国专有的：用来占卜，
郭德纲在《论梦》里就提到迷路了怎么办？采用高科技导航方式——扔鞋；最后我能想到的一种含义是占卜的衍伸，在某些地方新婚夫妇在洞房的时候要扔鞋，祈愿的倾向要大于占卜，据说是如果男人的鞋压住女人的鞋就是正常的，如果女人的鞋压住男人的鞋，那么将来会夫纲不振……