小规模纳税人增值税计税方式为简易计税方法，应纳增值税税额为不含税销售额与应税销售行为适用征收率的乘积，采购行为支付上游金额中包含进项税不得抵扣。
增值税以增值额为计税依据，即销售金额扣除采购金额后的增值部分，实务中体现为链条抵扣，上游供应商对外销售确认的销项税额，即为企业确认的进项税额，企业对外销售确认的销项税额，即为下游客户的进项税额。对于企业而言，其应纳税额为销项税额扣除可以抵扣的进项税额的差额。但是实务中，由于小规模纳税人的存在，打破了增值税的抵扣链条。
小规模纳税人(年应征增值税销售额不超过500万元)自身规模较小，一般情况下，核算体系相较于一般纳税人而言不够健全，有时无法提供准确的税务资料(比如进项抵扣凭证等)。而采用简易计税方法，增值税应纳税额的计缴更加简便，确认了应税销售行为销售额就可以直接计算出企业应缴纳的税款，切实简化了财务人员的工作难度和工作量。
小规模纳税人应纳增值税税额=不含税销售额×征收率=含税销售额÷(1+征收率)×征收率。
从计税公式可以看出，小规模纳税人应纳税额和进项税额无关，进项税额不得抵扣增值税，企业采购活动支付给上游供应商含税价款中的税额，直接计入相关资产费用科目。
借:原材料/库存商品等(含税价款)
贷:银行存款/应付账款
虽然小规模纳税人进项税额不得抵扣，但是并不意味着小规模纳税人的增值税税负率高，小规模纳税人增值税税负率=应纳税额÷不含税销售额=征收率。小规模纳税人适用的征收率主要包括2档:3%(疫情3%减按1%优惠政策2021年12月31日到期)和5%。
一般计税方法下增值税税负率=应纳税额÷不含税销售额=(不含税销售额×税率-采购不含税金额×税率)÷不含税销售额=毛利率×税率(进销税率相等的情况下)。税率分为4档:13%、9%、6%以及零税率，一般计税方法下，税负率和企业应税销售行为毛利率以及适用税率相关。