3730测序仪的测序结果中的高噪音影响是指什么？

Question

如题所述

Answer 1

我们一般看测序结果中，一个重要的参数是其信噪比，即为有效信号/背景噪音。高噪音影响就是低信噪比。信噪比越低结果越不可靠。
噪音是有2层含义的：狭义上是本底噪音，由系统误差造成；广义上为非目的片段的测序信号。
这么说来可能就有两种情况：
1、系统误差造成，系统误差的噪音本身是很低的，如果是这种情况，那就说明信噪比的分母有关：有效信号太低；大多数与样品浓度低，或者样品与引物不匹配有关。总不可能无中生有吧？没有东西，总测不出有效信号吧？
2、非目的片段测序信号造成：这种情况有高有低，算作与信噪比的分母有关。测序就是半个PCR，对应到PCR里就类似扩增特异性差，出现Smear条带，难于认清主条带，这样会容易理解点吧？这种情况一般与引物的特异性差和测序模板质量低下有关。