汗，哥们，你真的是太会问问题了，你这几句话的问题，如果要给你完全解释清楚，可能要写好几万字的答案。通俗的跟你解释下吧。
第一个问题
鼠标，键盘等外设在操作时会产生一些二进制的数据（我们可以称之为消息）和一个中断信号，然后这些数据以及操作系统自动产生的CPU中断信号会被CPU接受到。CPU接受到这些消息后就进行中断（中断是指你移动鼠标，操作键盘的时候CPU肯定在后台运行其他程序什么的，它要把正在处理的数据暂时保存下来能后才能接受处理鼠标键盘发过来的消息）能后判断这些消息代表什么操作，比如说你按了一下键盘的M键，这个操作的分为两部分，第一个，你按了键盘（在C语言中，表示为发送WM-KEYDOWN消息），第二个，你按了M键盘（M这个字符的ASCLL编码）。这样CPU就知道你操作的什么东西，怎么操作的这个东西。
第二个问题
软件为什么能控制硬件操作呢？晕，我实在不知道该怎么说你才能理解，这其中又涉及到操作系统。简单的说，不是软件直接控制硬件的，硬件只能接受到操作系统的数据，软件只能通过向操作系统发送消息从而控制硬件工作。
哥们不知道我这样说你明白了多少，我估计这样说不会对你有多大的帮助，如果你真的对计算机有兴趣的话，可以自己买点书看。从最基础的看起，比如C语言，计算机硬件基础，微机原理。
参考资料：我的大脑