乡镇政府是农村最基层的政权组织，是党和政府联系广大农民群众的桥梁和纽带，是新农村建设的直接领导者、组织者和推动者，担负着稳定一方社会、发展一方经济、服务一方群众的职能。随着农村各项改革的不断深入，特别是税费改革的不断深入，特别是税费改革的不断深入，乡镇政府职能也面临很大的挑战。对于我国乡镇政府及其职能进行分析。
一、乡镇机构设置和人员编制
全国乡镇均设有党委、政府和人大，绝大多数乡镇还设有人民武装部。在这些机构中，乡镇党委的权力最高，乡镇政府的权力最实，乡镇人大的权力最虚。在实际工作中，乡镇的决策通常是由乡镇党委会议或乡镇党政联席会议形成的。在权力结构最高位置的乡镇党委中，乡镇党委书记权力最大，由此形成了自乡镇党委书记下至“七站八所”和村干部的“金字塔”型权力结构。乡镇机构的人员编制状态错综复杂，大致五种情况：超编、缺编、在编不在岗、在岗但不在编和在册但不在编也不在岗。2004年中国乡镇发展报告指出，据有关部门对我国1020个有代表性乡镇的抽样调查，平均每个乡镇党政内设机构为16个，其人员平均数58人，超过正常编制的2至3倍；平均每个乡镇下属单位为19个，其人员达到290余人，超编严重。
（二）、乡镇财政收支状况
乡镇财政收入基本上由国家预算内资金、预算外资金和自筹资金三部分组成。乡镇财政的收入规模在地区间差异极大。在东部沿海地区，一个乡镇的财政年收入可达几个亿，而中西部地区许多乡镇则只有几十万的收入水平。从收入结构来看，差异也很大。经济不发达地方基本都以农业四税税收为主（农业税取消后主要靠财政转移支付），经济发达的地方农业四税可以忽略不计；从全国看，自筹资金和预算外资金在乡镇财政收入中占有相当大的份额。乡镇财政支出主要包括人头费、办公费、招待费、报刊费、车费、公共事业支出等。虽然乡镇财政收入水平差距很大，但是支出结构却有高度相似性。突出特征是，行政管理费用在全部支出中占有很高的比重，用于公共事业的支出普遍比较少。总的来说，对于以农业收入为主的乡镇（如中西部地区），财政支出普遍大于财政收入，乡村两级普遍负债；而对于以工业为主的乡镇（如东部地区），财政收支状况要好的多。
（三）、乡镇机构履行的职能
农村乡镇机构大致有以下职能：收税收费、计划生育、贯彻党的路线、方针、政策、招商引资、完成上级政府下达的经济发展指标等。随着税费改革的推进和免征农业税，收税收费这项工作将从乡镇工作的职能中消除。而在计划生育政策由以罚为主转向以奖为主后，该项工作量也将下降，这为乡镇机构履行其社会管理和公共服务的职能提供了条件，同时也为机构和人员精简提出了要求。
二、乡镇政府职能存在的问题
乡镇政府所处的特殊地位及现有的现状，由此产生政府职能出现很多问题，特别是税费改革后，这些问题越来越突出，主要表现在：
（一）、职能缺失
随着税费改革和村民自治的深入，脱胎于计划经济体制下的乡镇体制，严重影响了乡镇政府职能的发挥。乡镇政府的职能未能随市场经济而及时调整，职能出现了错误，甚至扭曲。其一，不用收农业税了，不用下村入户了，许多的乡镇干部无事可做，以打扑克、搓麻将度日，许多的老百姓根本不认识乡镇干部；其二、上级政府越来越多的把任务下派到乡镇政府，使乡镇承担了大量的县下派的任务。使得乡镇忙于应付上级的各类检查，为此投入大量的人力物力，而无法更好的行使自己应有的职能。同时，设在乡镇一级的财政、税收、工商、公安与机构实行垂直领导，也极大的消弱了乡镇政府的职能。
（二）、乡镇职能越位、错位、缺位，与市场经济要求不相适应。
首先是越位问题。《地方人民政府组织法》对乡镇政府的职权有明确的规定，但实际落实中并不太理想，许多乡镇职能泛化，管理的事情越来越多，很多需要市场本身解决的问题，政府却要下指标，定考核。如政治、经济、文化、社会无所不包，收税收费、计划生育、纠纷调处、环境保护等无所不干，成了一个全能政府，无限责任政府。
其次是错位问题。从乡镇政府的实际运行来看，相当多的乡镇政府都把自己的工作重点放在上级派下来的硬指标工作上，或仅仅限于上级派下来的工作上，如计划生育和催粮派款等，甚至为迎合上级要求大搞所谓"政绩工程"，建设高标准的小城镇草坪、广场等招牌建筑，严重浪费农村有限的公共资源，造成农民负担加重。乡镇政府在自身利益驱动下，忙于为上级政府服务时，对于自身应该担当的引导农民发展经济、为农民提供生产服务、管理社会治安、发展农村教育文化事业、保护国土资源和生态环境等"软工作"却缺乏应有的积极性，对农民提出来的要求和需要解决的问题，更是无心理睬，致使农民的社会治安、医疗卫生、教育、交通道路、水利设施、环保等方面的基本需求无法满足，农民的生存环境不断恶化。
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