手术时机的掌握目前争论较大，有人主张早期手术，目的在于尽早控制炎症，防止并发症出现。另有人认为重症急性胰腺炎早期手术的风险极大，术后死于呼吸衰竭等并发症比较多见，手术病死率高，故应在患者生命体征稳定、一般情况稍好后再行手术。还有人认为发病后3 ～ 8 日为最佳手术时机。有一点是肯定的，那就是要按不同的情况作出不同的决定，即实施所谓“个体化方案”。手术时机的选择应掌握以下原则。
第一，根据发病原因决定手术时机。在决定手术前，应判断患者属于何种胰腺炎，即属于胆源性胰腺炎，还是非胆源性胰腺炎。
前者还要区分是以胆道疾病为主，还是以胰腺病变为主。
确诊为胆道疾病为主者，有胆道梗阻应先急诊手术，若无胆道梗阻则先行内科治疗，待胆道疾病缓解后再手术。
第二，根据有无感染决定手术时机。应及时判断胰腺坏死组织是否继发感染，若有感染存在可先作适当的术前准备，并及时进行早期手术，若感染较严重，可行急诊手术。若无感染，则一般采取非手术治疗，包括腹腔灌洗等。在非手术治疗过程中，病情一旦恶化，并有感染症状出现或发生脓肿形成等并发症，则应随时改为手术治疗。
第三，根据病程决定手术时机。20 世纪70 年代，一些学者对重症急性胰腺炎患者进行过观察，发现早期就可产生严重的胰腺坏死和胰外侵犯，故主张尽早手术，只要明确诊断后应立即手术。到20世纪80 年代后期，发现早期手术的疗效并不如预期的那么好，病死率在30% ～ 50% 之间。因为早期手术很难将坏死组织彻底清除，不能阻止胰腺组织进一步坏死，亦不能阻止生物活性物质及毒素由坏死区域进入血液循环。另外，手术还破坏组织屏障，开放病灶后感染的发生率几乎为100%。急性胰腺炎患者在发病一周内死亡或猝死者，其胰腺本身的病变并不严重，死亡原因多为多系统器官功能衰竭，此时在心、肺、肝、肾、胃肠等受损器官组织内有大量的炎性细胞浸润，患者正处于全身过度炎症反应的生理功能紊乱期，此时接受麻醉及手术只能使机体的应激状态加重，易导致术后的多系统器官功能衰竭，从而增加病死率。因此，目前不主张早期手术，对于无感染和无并发症的患者，应先进行内科治疗，确需要手术者，也应尽量将手术推迟至两周或更长时间后进行。这时病灶已稳定、局限，坏死组织与正常组织的界限清楚，手术可较彻底地清除坏死组织而又不误伤正常组织。
第四，根据CT 检查结果决定手术时机。CT 检查有助于手术时机选择。胰腺CT 值与主动脉CT 值之比小于50% 可肯定有胰腺坏死，增强的动态薄层CT 扫描能观察到胰腺的灌注缺损，间接地判断坏死程度，准确率达90%。若胆源性重症急性胰腺炎经CT 检查证实已有胰腺坏死，但临床表现不甚严重，可考虑于48 小时内手术，将胰腺坏死组织清除。若CT 发现腹腔内有2 ～ 3 个胰外积液区，则形成脓肿的概率大于60%，应首先考虑手术清创。