根据上述职责，省教育厅（省委教育工作委员会）设17个内设机构：
（一）办公室 。
负责文电、会务、机要、信访、宣传和档案管理工作；负责综合性文稿的起草工作；承担信息、督查、保密、政务公开和电子政务等工作；综合协调机关政务工作。
（二）组织干部处。
指导高等学校党的建设和统战工作；受省委委托，会同省委组织部管理省属高等学校领导干部，承担高校领导班子日常管理工作；参与中央部委在皖高等学校、市属高等学校领导班子调整配备工作；负责民办高等学校校长任免的核准和督导专员（兼党组织负责人）的管理工作。
（三）思想政治工作处。
统筹管理和指导教育系统思想政治工作；宏观指导各级各类学校安全稳定、政治保卫、精神文明建设以及网络文化建设和管理工作；负责厅属高等学校和厅属中专学校教师与学生思想政治、安全稳定以及辅导员队伍建设工作；管理和指导高等学校宣传、思想政治理论课教育教学和师德师风建设工作；指导高等学校和直属事业单位出版物的监督管理；联系协调全省各级各类学校及周边环境治安综合治理工作。
（四）政策法规处 。
研究教育改革与发展战略并就重大问题进行政策调研；承办全省教育系统法制建设和依法行政的有关工作；起草地方性教育法规规章草案；承担有关规范性文件的审核、行政复议和行政应诉工作。
（五）人事处。
负责机关、直属事业单位和厅属高等学校、中专学校的机构编制、人事管理及相关人事制度改革工作；负责厅属中专学校领导班子建设；指导高等学校和厅属中专学校教师队伍和管理人员队伍建设，承担高等学校和厅属中专学校师资的综合管理工作；承担教育系统表彰奖励有关工作。
（六）发展规划处。
拟订全省教育事业发展规划和年度计划并监督实施；规划、指导全省高、中等学校管理体制改革和布局结构调整的有关工作，负责省属高等学校以及师范、卫生类普通中专学校的设置、撤销、更名等申报和审核工作；拟订省属高等学校、普通中专学校招生计划以及高中阶段教育指导性招生计划；宏观指导全省教育系统的基本建设工作，承担厅属高等学校和直属事业单位的基建管理工作；承担全省教育基本信息统计、分析和发布工作；指导高等学校和中专学校后勤社会化改革工作。
（七）财务处 。
参与拟订教育经费筹措政策以及教育收费项目和标准；编制厅属高等学校、中专学校和直属事业单位经费预决算；参与管理省财政下达教育事业费、教育基建投资和教育附加；负责统计监测全省教育经费投入和使用情况；指导教育系统内部审计工作；指导厅属学校和直属事业单位财务、国有资产管理，并监督资本运营；承担国（境）内外的教育援助和教育贷款的管理；参与义务教育经费保障机制经费管理；负责机关财务工作。
（八）基础教育处。
承担全省义务教育、普通高中教育、幼儿教育、特殊教育和民族教育的宏观管理工作；拟订全省基础教育发展政策和基本教学文件；指导教育教学改革和教材建设，组织审定基础教育地方课程教科书，规范基础教育教材、教辅管理；指导中小学德育及校外教育工作；制定中小学及幼儿园评估标准并指导实施；指导中小学图书馆、实验室设备配备和教学信息化工作。
（九）高等教育处。
统筹管理全省本专科层次的各类高等教育；负责高等教育教学的宏观管理，组织实施高等学校学科专业目录和指导文件；归口管理高等学校专业设置工作；指导高等教育教学基本建设、教学质量评估和教学改革工作；指导高等学校图书馆和实验室建设；指导各类高等继续教育和远程教育工作；参与高等教育发展规划的制定、院校设置及高等教育招生制度改革等工作。
（十）职业与成人教育处 。
统筹管理全省中等职业教育和成人教育工作；指导中等职业教育、成人教育的教育教学工作；指导学校专业建设、课程建设、教材建设、实习实训基地建设和图书馆、实验仪器设备建设工作；指导农民文化技术教育、社区教育、职工教育以及扫除青壮年文盲工作；参与中等职业教育和成人教育发展规划、结构调整、体制改革和师资队伍管理工作；参与拟订高中阶段教育招生制度和中职学校家庭经济困难学生资助的政策措施。
（十一）民办教育处。
承担全省各级各类民办教育统筹管理和综合协调工作；拟订鼓励和规范民办教育发展的政策措施并协调组织实施工作，负责民办高等教育机构和院校办学方向、办学行为的监督检查；负责民办非学历高等教育机构的设置与调整工作，参与民办高等学历教育院校的设置、调整和招生计划审核、校（院）长任职的核准等工作；承担民办高等学校办学管理；承担民办高等教育机构、院校招生简章和广告发布的审核备案工作；指导市、县教育行政部门做好中等及以下民办教育机构和学校办学行为的监督指导工作。
（十二）师资处。
统筹全省中小学和中职学校教师队伍建设工作，拟订中小学和中职学校教师队伍建设和继续教育规划；指导、协调中小学和中职学校教师继续教育、资格认定、职称评审和校长培训工作；指导中小学机构编制、工资福利、人事制度改革工作；指导中小学和中职学校师德师风建设、教师权益保护以及城镇教师支援农村教育工作。
（十三）省政府教育督导团办公室 。
拟订全省教育督导工作规章制度和政策措施；拟订教育督导评估的标准、指标体系和方案，指导全省教育督导工作；负责对全省贯彻执行教育法律、法规、方针和政策情况的督导检查；负责市、县人民政府及有关职能部门履行教育工作职责情况的督导检查；组织对全省中等及以下教育的督导检查；负责省政府教育督导团日常工作。
（十四）高校学生处。
统筹指导全省各类高等学校学生管理工作；承担普通高等学校毕业生离校前的就业指导和服务工作；参与拟订普通高等学校和中专学校毕业生就业政策；参与实施国家急需毕业生的专项就业计划；指导市县教育行政部门开展大学生就业指导和服务工作；指导高等学校学生日常管理、奖惩以及心理健康教育工作；负责全省高等学校学生的学籍、学历管理和电子注册工作。
（十五）科学研究与研究生教育处(省政府学位委员会办公室)。
统筹规划和指导高等学校自然科学、哲学社会科学研究工作；组织协调高等学校承担国家和省重大科研项目实施；指导高等学校重点学科、重点实验室、工程研究中心、大学科技园、哲学社会科学研究基地及“211工程”建设；指导高等学校高新技术产业发展、“产学研”合作和知识产权工作；规划、指导全省教育信息化工作；统筹管理全省研究生教育，指导高等学校和科研单位研究生培养工作；承担和指导学位授予单位和学位点的审批、审核工作，承担省学位委员会办公室的日常工作。
（十六）体育卫生艺术教育处。
指导各级各类学校体育、卫生与健康教育、艺术教育、国防教育工作；拟订相关政策和教育教学指导性文件，规划指导相关专业教材建设和师资培养培训；指导和协调大、中学生参加国家体育竞赛和艺术交流活动；监督学校饮食卫生和公共卫生。
（十七）外事处 。
承担教育国际合作与交流工作；管理出国留学和来皖留学工作；审核和参与监管涉外教育中介机构、中外合作办学机构与项目、外籍教师工作；指导汉语国际推广工作；审批在皖举办的外国教育展；承担与香港、澳门特别行政区以及台湾地区的教育交流与合作工作。
离退休工作处 负责机关离退休人员的服务管理工作，指导直属单位离退休人员的服务管理工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
省教育纪工委（监察专员办公室） 受省纪委、省监察厅委托，负责协调指导全省教育系统的纪检监察工作。
