农村不动产确权登记的好处是明确了老百姓的权属，有了保障；缺点是增加了百姓的税赋压力。
好处：一、明确了老百姓对不动产的权属，对老百姓权益不受他人侵犯提供了制度保障；二、便利了权属的转移，不动产登记后老百姓可以更加方便地通过出租、出资、抵押、转让等方式获取财产收益和融资的需要；农民的土地可以合法流转等。
坏处：不动产登记是为房产税，甚至是为不动产税打基础，未来老百姓需要承担更多的税赋。
对农村居民来说，农村不动产确权登记最直接的作用就是明晰农村宅基地的产权，通过对农村宅基地的登记发证，可有效减少因宅基地权属争议引发的各种社会矛盾。
同时如果大量土地被卖，会产生为数不少的失地农民，会导致土地兼并和农民内部贫富两极分化，造成社会不稳定；还会弱化农村集体组织的权力，不利于农地的定期调整，抬高政府的征地成本，影响的发展优势。
农村房地一体不动产确权登记工作流程
1、申报
凡是拥有宅基地的土地使用权人，须领取由土地部门统一印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，以户为单元，每宗宅基地填写一份。村民使用的宅基地，必须提交由经济社、村委会二级经济组织及镇政府出具的土地权属来源证明。然后由调查组负责收集申报材料上交土地管理部门对权属进行审核。
2、权属调查
国土部门根据土地使用权人的申请，对宅基地范围、界线、界址、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。在宅基地调查过程中，本宗地使用者和相邻地使用者应按通知规定时间内到场共同指界，对双方共同确认的用地界线和界址点进行签名、盖章。
3、审核与公告
经土地行政主管部门审核，对认为符合登记要求的宗地进行公告，公告内容主要包括土地使用者的名称、地址、准予登记的土地权属性质、面积、坐落、四至范围等。
4、审批
公告期满，土地权利者及其他土地权益有关者对土地登记审核结果未提出异议的，在农村宅基地使用权登记审批表上签署同意登记发证的意见，由市（县）人民政府领导签章，并加盖市（县）人民政府土地登记专用章。
5、登记注册
根据农村宅基地登记审批表结果，以宗地（宅基地）为单位逐项填写土地(宅基地)登记卡、土地（宅基地）归户卡及土地证书，并由登记人员和土地行政主管部门主管领导分别在两卡上签字。
以上内容参考百度百科-农村集体土地确权登记发证