根据上述职责，市人民政府办公厅设18个内设机构：
（一）第一秘书科
负责市长政务活动、外事活动的具体安排，起草市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办市长的文电、信函、批示，办理市长与市委、人大、政协领导同志联系的相关事宜。办理人民武装、国防等方面的相关文电工作。
（二）第二秘书科
负责对应的副市长政务活动、外事活动的具体安排，起草对应副市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办对应市人民政府领导同志的文电、信函、批示以及交办的各项工作。办理机构编制、发展改革、物价、监察、财政、金融、人力资源和社会保障、审计、统计、法制、国有资产监督管理、机关事务管理、驻京联络机构、政府采购、政府发展研究、市管国有控股企业，税务、保险、证券、信托等方面的文电工作。
（三）第三秘书科
负责对应的副市长政务活动、外事活动的具体安排，起草对应的副市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办对应市人民政府领导同志的文电、信函、批示以及交办的各项工作。办理民族、公安、民政、司法、水利、农业、水产畜牧兽医、林业、人口计生、粮食、人防、扶贫、信访、农机、三大纠纷调处、应急联动、水库移民、宗教、残疾人工作、流动人口、县人民政府以及法院、检察院、军队、国家安全、气象等方面的文电工作。
（四）第四秘书科
负责对应的副市长政务活动、外事活动的具体安排，起草对应的副市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办对应市人民政府领导同志的文电、信函、批示以及交办的各项工作。办理国土资源管理、城乡规划建设、城市管理、住房保障和房产管理、园林、地震、住房公积金管理、水城建设、各城区人民政府等方面的文电工作。
（五）第五秘书科
负责对应的副市长政务活动、外事活动的具体安排，起草对应的副市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办对应市人民政府领导同志的文电、信函、批示以及交办的各项工作。办理科技（知识产权）、商务（口岸）、旅游、投资促进、外事侨务、城乡数字化建设、台湾事务、供销、青秀山风景名胜区、大明山自然保护区、昆仑关战役遗址保护区、政府参事、工商管理、工商联、科协、侨联、贸易促进、海关、边检、检验检疫等方面的文电工作。
（六）第六秘书科
负责对应的副市长政务活动、外事活动的具体安排，起草对应的副市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办对应市人民政府领导同志的文电、信函、批示以及交办的各项工作。办理工业和信息化（糖业发展）、环境保护、交通运输、安全生产、铁路建设、二轻集体工业、开发区、相思湖新区、供电、烟草专卖、质量技术监督、电信、通信、邮政、海事、民航等方面的文电工作。
（七）第七秘书科
负责对应的副市长政务活动、外事活动的具体安排，起草对应的副市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办对应市人民政府领导同志的文电、信函、批示以及交办的各项工作。办理教育、文化新闻出版、卫生、食品药品监管、广播电影电视、体育、政府新闻、地方志编纂、社会科学、高等职业技术教育、档案、新闻机构、工会、共青团、妇联、文联、爱国卫生、社科联、民主党派以及红十字等方面的文电工作。
（八）第八秘书科
负责对应的副市长政务活动、外事活动的具体安排，起草对应的副市长的讲话材料、调研报告，起草或参与起草综合性重要文件，处理和督办对应市人民政府领导同志的文电、信函、批示以及交办的各项工作。办理北部湾（广西）经济区规划建设（南宁五象新区建设）、保税物流，北部湾经济区重点产业园区规划建设等方面的文电工作。
（九）综合科
负责办理市人民政府办公厅机关的有关政务、事务工作；负责市人民政府办公厅领导同志政务活动的安排；负责政府全会、政府常务会和市长例会的会务安排、会议记录，编写会议简报、会议纪要；起草《政府工作报告》、市人民政府领导同志的有关讲话材料、市人民政府及市人民政府办公厅机关工作总结等重要文件、文稿；负责市人民政府办公厅承担的史志、年鉴类的编写工作。
（十）文书科
负责文电收发、运转、印鉴管理、文书档案、办公厅保密、文印、公文规范审核、机要通信、文件交换等方面的工作；负责阅览室管理工作；编发《南宁政报》等。
（十一）人事科
负责机关及所属单位和市人民政府驻京联络机构的人事管理、机构编制、教育培训和出国政审工作；负责市人民政府党组会议、市人民政府办公厅党组会议和科长会议的会务工作及起草会议纪要；负责机关及所属单位的党群工作。
（十二）行政科
负责市人民政府领导及市人民政府办公厅机关后勤服务管理工作；负责市政府办公大楼办公用房调配及协调工作；负责市人民政府办公厅机关及所属单位财务、国有资产管理，以及办公厅系统预算、工资统发核算、各类财务报表统计及劳动统计；负责办公厅对外接待、计划生育、社会治安综合治理及扶贫支教工作。
（十三）信息科
负责全市政务信息的收集、核实、报送工作；负责全市人民政府系统单位政务信息采编的指导和培训以及考核评比工作；负责《信息专报》、《动态报告》及《动态报告特刊》等信息刊物的采编工作；负责办公厅信息化建设工作。
（十四）市人民政府督查室
负责市人民政府各部门和各县区人民政府对国务院、国务院办公厅，自治区人民政府、自治区人民政府办公厅及市人民政府各项决议、决定和重要工作部署贯彻执行情况的督促检查和落实反馈工作；负责自治区人民政府、市人民政府领导同志重要批示的督办、落实和反馈工作；负责相关的人大代表建议、议案和政协委员提案办理工作；负责对全市人民政府系统督查工作实行业务指导；负责办理市人民政府交办的其他重要事项。
（十五）市人民政府应急管理办公室（市人民政府值班室）
负责全市应急管理工作及市人民政府应急管理委员会日常工作，办理市人民政府和市人民政府办公厅领导交办的其他事项。市人民政府应急管理办公室（市人民政府值班室）内设值班室、协调处置科、应急管理科。
1．值班室。负责市人民政府值班工作，确保与自治区党委、自治区人民政府及其所属部门，市人民政府所属各部门、单位以及各县（区）人民政府联络畅通；接收并办理市人民政府及市人民政府办公厅紧急重要事项以及市内外相关重大情况和动态，传达、转办市人民政府领导关于突发事件的批示、指示；负责政府全会、政府常务会、市长例会以及市人民政府领导和市人民政府办公厅领导召开的其他会议的通知、落实和反馈工作；配合市委办公厅和市人民政府办公厅其他科（室）负责有关会议的会务工作；负责值守应急、突发事件信息报送工作；负责指导全市政府系统的值班工作；负责市人民政府秘书长（办公厅主任）的有关文电处理工作。
2．协调处置科。负责协调、指导、督促、检查全市应急队伍、保障体系建设，指导突发事件应急预案演练；协助市人民政府领导处置特别重大、重大突发事件；协调指导特别重大、重大突发事件的预防预警、应急处置、调查评估、信息发布、应急保障等工作；督办、落实市人民政府有关应急决定事项和市人民政府领导对特别重大、重大突发事件的批示、指示，承办相关文电和会议；负责特别重大、重大突发事件应急信息搜集、汇总、整理工作，提出处置工作建议。
3．应急管理科。负责组织、协调有关方面研究提出市应急管理的政策、法规和规划建议；指导全市应急预案体系、应急管理体制、机制、法制建设，组织修订市突发事件总体应急预案，审核市突发事件专项应急预案；指导、协调全市应急平台体系规划、建设；组织、协调市人民政府应急管理专家组工作；办理市应急管理调研、宣传、教育、培训、对外交流与合作、综合会议等方面的工作和文电。
（十六）市政务服务中心管理办公室（市政务公开领导小组办公室、市政府信息公开领导小组办公室）
组织并参与起草市行政审批和政务服务管理的法规、规章和政策；负责推进行政审批项目集中办理，组织市本级各职能部门和中直区直部门为社会公众和行政管理相对人办理行政许可事项与非行政许可事项及相配套的管理与服务事项；组织公共资源交易机构进入政务服务中心服务，并进行规范和监督管理；负责审查市本级各职能部门行政审批事项的授权，受理行政审批的相关投诉；负责对涉及两个以上部门行政审批项目联合审批的组织协调；负责对进驻政务服务中心的单位及其工作人员进行管理、考核、考评和奖惩；协调、指导全市行政审批和政务服务中心管理工作；负责政务公开、政府信息公开工作，指导、协调全市政务公开、政府信息公开工作。市政务服务中心管理办公室（市政务公开领导小组办公室、市政府信息公开领导小组办公室）内设政务管理科、政务协调科、政务技术科。
1．政务管理科。负责办公室的日常政务工作；负责办公室综合性会议的组织和其他事务性工作；组织并参与起草市行政审批和政务服务管理的法规、规章和政策；负责内部规章制度建设；负责文电收发、信息、印鉴管理、文书档案管理、保密、安全保卫、资产管理、后勤服务等工作；负责进驻单位服务质量的考评，对窗口工作人员进行教育、培训、管理、监督、考评、考核；负责政务服务宣传工作；负责市政务公开、政府及政府办公厅信息公开工作，推进、指导、协调、监督和考核全市政务公开和政府信息公开工作。
2．政务协调科。负责审核、协调进入与退出政务服务中心的窗口单位；负责审核、协调行政许可与非行政许可事项、收费事项、确认登记、咨询服务及其他公共服务事项的进入、调整、保留、取消等；负责协调公共资源交易机构进入政务服务中心服务；负责对涉及两个以上部门行政审批项目联合审批的组织协调；协调、指导全市行政审批和政务服务中心的管理工作。
3．政务技术科。负责政务服务中心信息系统的运行维护与管理工作；负责组织实施政务服务信息系统建设技术标准；负责配合监察部门组织开展行政效能电子监察的数据分析和编发工作。
（十七）市大型活动协调办公室（市服务中国－东盟博览会工作领导小组办公室、南宁国际民歌艺术节组委会办公室）
负责对全年大型活动进行规划、统筹、审核、备案及总结；对以市委、市人民政府名义主办、承办、联办的综合性大型活动进行研究、协调、组织、指导、督办；承担南宁市服务中国—东盟博览会工作领导小组、南宁国际民歌艺术节组委会的日常工作；利用举办大型活动的资源平台，服务全市中心工作。市大型活动协调办公室（市服务中国－东盟博览会工作领导小组办公室、南宁国际民歌艺术节组委会办公室）内设活动管理科、活动协调科和活动指导科。
1．活动管理科。负责办公室日常政务和后勤保障；对以部门名义举办的大型活动进行备案；拟订并统筹实施大型活动工作制度和流程；负责大型活动专项经费的管理、使用及结算;负责大型活动期间会务、事务协调；负责大型活动档案资料的收集、整理、总结、归档。
2．活动协调科。负责统筹编制以市委、市人民政府名义举办的全市性大型活动年度计划；对计划外的大型活动提出可行性意见；负责大型活动期间重要文稿和工作方案的起草、统筹、报批；制订大型活动票务计划并组织实施；统筹活动实施中各部门关系，并指导工作开展。
3．活动指导科。负责大型活动证件工作、现场工作的管理、指导和组织实施；负责活动期间以市委、市人民政府名义互赠物品的相关工作；协助、指导各部门策划以市委、市人民政府名义举办的专项大型活动。
（十八）市信用体系建设办公室
负责组织、协调、推进全市的信用体系建设工作。负责起草相关的地方法规和实施规范；编制、实施南宁市信用体系建设规划；组织、协调全市信用信息资源的整合与依法发布，指导社会信用体系标准化建设，配合有关部门推动信用征信活动健康开展；推动信用管理原理在行业管理中的应用；对信用市场和市场主体进行培育；开展信用体系建设宣传教育活动；指导行业协会开展活动。承担市信用体系建设工作领导小组的日常工作。
离退休人员工作科 负责机关及所属单位离退休人员管理工作。
机关党组织 负责机关及所属单位的党群工作，具体工作由人事科承担。
纪检监察室 负责机关及所属单位的纪检、监察工作。
