红河州地处滇东、滇东南、滇西三大成矿带交接部，地质成矿条件较好，有丰富的矿产资源。2011年，红河州探明或开采的有色金属、黑色金属、非金色矿产共49种，共发现矿床（点）500余处。资源储量：燃料矿产煤41.39亿吨，当年产量1286万吨；黑色金属矿产：铁1.04亿吨、锰0.68亿吨，当年产量分别为91万吨和30万吨；有色金属矿产：铜金属137万吨、锡金属49.78万吨、铅金属119万吨、锌金属134万吨、镍金属1.7万吨；贵金属：黄金20220千克、白银3783.4千克；非金属：石膏1.24亿吨、霞石正长岩5545万吨、水泥用灰岩26714.5万吨。
各种金属、非金属矿藏中，锡、锰及伴生金属铟、铋、银在全省和全国占有重要地位。个旧市是红河州主要矿产资源的集中地，有色金属储量居全省第一，锡储量居全国之首；建水是全国最大的锰生产基地；蒙自银的储量达4044吨，是国内较大的银矿之一；金平镍矿储量80万吨，是全国第四大富镍矿；建水钛矿储量为125万吨。红河州依托大企业抓项目，使红河州矿业呈现出良好的发展势头。个旧成为世界最大的锡冶炼、锡材加工、锡化工生产中心。云锡集团公司成为集地质勘探、采矿、选矿、冶炼、锡化工、砷化工、锡加工、有色金属新材料、贵金属材料等为一体的国有大型有色金属生产联合企业。 2011年，红河州有自然保护区7个（其中国家级自然保护区3个），野生动植物资源丰富，堪称“天然动植物王国”，被誉为“滇南生物基因库”。境内有野生种子植物229科1530属5667种，其中裸子植物8科17属29种，被子植物221科1513属5638种。有国家重点保护野生植物82种，其中国家一级重点保护野生植物有苏铁、金花茶等23种，国家二级重点保护野生植物59种。有陆栖脊椎野生动物690种。国家重点保护野生动物102种，其中国家一级重点保护野生动物有马来熊、黑冠长臂猿、金钱豹、绿孔雀等21种，国家二级重点保护野生动物81物种。中草药911种，其中植物药770种，动物药140种，矿物药1种。
