北京大学口腔医院历史上，多位杰出的学术领袖担任过院长职务，他们的贡献丰富了我国口腔医学的发展历程。首先，毛燮均教授（1901-1979）作为我国口腔正畸学科的重要奠基人，曾担任华西大学牙医学院毕业生，并在1930年之后先后担任北京大学医学院牙医学系主任和北京医学院口腔医学系主任等要职，同时还是《中华口腔科杂志》的总编辑。
钟之琦教授在1947年至1949年代理北京大学医学院牙医学系主任，1962年至1972年成为北京医学院附属口腔医院的院长，他的任职期间对医院的发展起到了关键作用。
郑麟蕃教授（1919-）是口腔医学及口腔病理学专家，1941年毕业于东京齿科大学，之后在北京医科大学担任过口腔系主任、研究所所长等职务，还曾是世界卫生组织专家咨询小组成员和预防牙医学研究及培训中心主任。朱希涛教授（1915-2003）同样在口腔医学领域有深厚造诣，曾在北京医学院担任矫形修复科主任和口腔系主任等要职。
白莉教授在1972年至1982年间担任北京医学院附属口腔医院院长，曹荣桂研究员则在1982年至1984年接任，他在口腔医院的管理和学术贡献显著。王光和教授（1925-）和张震康教授分别作为口腔颌面外科专家，对学科发展有着重要作用，前者还曾是北京医科大学口腔医学院院长，后者则担任过口腔颌面外科教授和研究中心主任等职。
最后，俞光岩教授现任北京大学口腔医学院和口腔医院院长，同时担任多个学术组织的领导职务，如中华口腔医学会常务理事等，对我国口腔医学研究和教学有着深远影响。
北京大学口腔医院是国家重点口腔医学院校。实行口腔医学院、口腔医院、口腔医学研究所三位一体的管理体制。旨在以高水平的医疗特色，高水平的教学质量，高水平的科研业绩，高水平的人才培养，高水平的服务模式，作为发展的基础与目标，建设国家级医院、现代化医院、走向国际的大医院。即将落成的新楼院区，将配合先进的设备仪器，专业的布局规划，人性化的细节考虑，为现代化医院提供硬件更新。