开源版本的PyMOL 安装方法如下：
安装python
推荐anaconda版本的python2, 我的系统是64bit的windows系统,如果你的系统和我的系统相同，可以 点此 下载。
这里我在D盘根目录下面新建一个文件夹，anacondapython27_64，并双击+下一步的方式将anaconda 安装在 D:\anacondapython27_64 目录下面。
打开cmd 或者 powershell 窗口,运行D:\anacondapython27_64\python.exe -V 检查是否安装成功:
PS C:\Users\czq> D:\anacondapython27_64\python.exe -VPython 2.7.15 :: Anaconda, Inc.出现版本号则说明安装成功。
随着硬件的发展，32bit的系统逐渐被淘汰。
如果不幸你的电脑刚好是32bit的系统，可自行到 anaconda官网 选择对应的python版本进行下载。
下载相关的wheel文件
到 uci wheel官网 上下载相应的whl文。
我以64bit的windows+ conda python27 为例，选择相应的文件：
注解
自行到`uci wheel官网 <https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/>`_ 上根据自己的python版本和系统架构选择相应的whl文件numpy+mkl、pymol、pymol_launcher。
numpy+mkl 如 numpy‑1.14.6+mkl‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl代表python2.7 64bit的python和系统。
pymol 如pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
pymol_launcher 如： pymol_launcher‑2.1‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
安装
将whl 文件放到d盘的根目录下，然后在cmd或者powershell窗口下运行下述命令就可以完成pymol的安装:
D:\anacondapython27_64\python.exe -m pip install D:/numpy-1.14.6+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl安装成功后，在D:\anacondapython27_64 目录下面会出现可执行程序PyMOL.exe, 双击就可以运行。
参考：
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