法院可以查封已经抵押的车辆，但是抵押车辆变卖后应该优先偿还被抵押人。
最高人民法院《关于执行工作若干问题的规定（试行）》第40条规定：
人民法院对被执行人所有的其他人享有抵押权、质押权或留置权的财产，可以采取查封、扣押措施。财产拍卖、变卖后所得价款，应当在抵押权人、质押权人或留置权人优先受偿后，其余额部分用于清偿申请执行人的债权。
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案例：
恶意抵押为无效合同：
市民曹某购买了康某名下的一套房屋，可购房后康某一直拒绝协助办理过户手续，并拿出一份借款合同，称已将该房屋抵押给他人，故购房合同无法继续履行。曹某随后将康某诉至法院，要求法院确认康某与他人的抵押行为无效。最终，法院支持了康某的诉讼请求，认定康某系与他人串通，恶意抵押。
2012年5月26日，曹某与康某签订购房合同，约定购买康某名下的一套房屋。同年6月3日，曹某依约支付了首付款，康某将房屋交付给曹某，曹某对房屋进行装修居住至今。后因康某拒绝履行过户手续，曹某于2013年11月起诉，要求康某继续履行合同，协助办理房屋过户。
在该案审理期间，康某与齐某于2013年11月21日签订《借款合同》，康某以涉案房屋为担保，向齐某借款120万元，双方于同年11月27日为该房屋办理了抵押登记，导致康某与曹某之间的房屋买卖合同无法继续履行。曹某遂又将康某和齐某诉至法院，要求确认双方的抵押行为无效。
康某和齐某则认为，双方签订的抵押合同是真实意思表示，不违反法律规定。齐某已将钱打给了第三人房某并在住建委就抵押进行登记，借款及抵押合同已经履行完毕。曹某没有证据证明他们为恶意串通，不同意其诉讼请求。
一审法院经审理查明，签订《借款合同》后，康某与齐某之间并无金钱往来，齐某是向案外第三人房某转账120万元，不足以证明康某与齐某之间有真实的借贷关系及意思表示，故基于借款产生的房屋抵押合同应认定为恶意串通。据此，法院判决康某与齐某之间的房屋抵押合同无效。
康某、齐某不服，上诉至一中院。一中院经过审理认为，不能认定存在康某向齐某借款的事实。康某在已将诉争房屋出售且交付的情形下，又将房屋抵押给齐某，主观上显然是恶意的。近日，一中院驳回上诉，维持原判。
参考资料来源：人民网-房主恶意抵押已售房产 法院判定抵押行为无效