土木工程研究所包括：
一、中国科学院土木工程研究所
中国科学院土木工程研究所是我国土木工程领域的重要研究机构之一，主要进行土木工程结构抗灾、抗震等前沿研究。同时，该所还致力于新型建筑材料和结构的研发与应用。
二、中国建筑科学研究院土木工程研究所
中国建筑科学研究院土木工程研究所是我国在土木工程领域具有较大影响力的科研机构之一。该所主要进行土木工程施工技术、防灾减灾技术等方面的研究，同时开展相关的技术服务和咨询工作。
三、国家地震局土木工程研究所
国家地震局土木工程研究所致力于地震工程及其防灾技术的研究，涉及土木工程结构抗震、防灾材料与技术等方面。该所的研究成果在我国地震灾害的预防和减轻中起到了重要作用。
四、清华大学土木工程研究所
清华大学土木工程研究所是国内顶尖的土木工程研究机构之一。该所主要研究内容包括土木工程结构设计与施工、防灾减灾工程等，同时积极开展国际交流与合作。此外，该所还注重人才培养和学术创新。
五、同济大学土木工程研究所
同济大学土木工程研究所在土木工程领域有着深厚的研究基础。该所主要研究内容包括土木工程结构理论与应用、桥梁工程等，同时还涉及新型建筑材料和结构的研发与应用。此外，同济大学土木工程研究所在国内外享有较高的声誉和影响力。
以上这些研究所都在土木工程领域进行着深入的研究和探索，涵盖了土木工程结构的抗震抗灾、施工技术和防灾材料等多个方向，为我国的土木工程建设和发展做出了重要贡献。