由于动物的个体差异和药物本身的毒性，抗生素类药物可引起动物的不良反应，主要有以下几点：
（1）可引起血液病常见的有青霉素类、四环素类、庆大霉素等可引起的白细胞和粒细胞减少；青霉素等引起的再生障碍性贫血；链霉素等可引起血小板减少；头孢菌素类、两性霉素B可引起溶血性贫血；氨基糖苷类、四环素类等可引起维生素K合成障碍而致出血等。
（2）神经系统损害常见的有四环素类引起的颅压升高、昏迷等；链霉素、庆大霉素、新霉素等引起的前庭神经损害；新霉素、卡那霉素、庆大霉素、丁胺卡那霉素等引起的耳蜗神经损害等；多黏菌素B、灰黄霉素等引起的视神经损害；多黏菌素B、多黏菌素E、两性霉素B等引起的多发性神经炎；使用大剂量新霉素、链霉素等导致的神经肌肉传导阻滞等。
（3）引起肝脏损害主要是由于抗生素对肝脏的直接损害和过敏性机制所致。常见的有四环素，偶见大剂量使用苯唑西林、氨苄西林等可致肝细胞损害，引起肝细胞变性或者坏死；林可霉素、克林霉素等可致胆汁郁滞型肝损害。
（4）引起肾脏损害主要有青霉素的过敏反应引起的急性间质性肾炎；四环素类引起的高氮质血症、高磷质血症和酸中毒、肾小管脂肪变性等；氨基糖苷类剂量过大应用引起的蛋白尿、血尿氮升高、急性功能衰竭等。按药物对肾脏损害的毒性大小顺序为：新霉素＞卡那霉素＞庆大霉素＞丁胺卡那霉素＞妥布霉素＞链霉素。多黏菌素B（E）和两性霉素B对肾脏有较强毒性，对肾脏的损害大部分很难逆转，环丙沙星等沙星类药物也有引起间质性肾炎的报道。
（5）引起消化道不良反应几乎所有的抗生素口服都有消化道不良反应，只是发生的概率有高有低、反应的程度有轻有重。临床上主要表现为恶心、呕吐、腹胀、腹泻、便秘等，反应多见于四环素、两性霉素B、林可霉素、新霉素等，长期大量服用四环素还可引起胰腺炎。
（6）可引起二重感染由于长期或者大量使用广谱抗生素，体内的敏感细菌被抑制，其他未被抑制的细菌、真菌乘机大量繁殖，引起机体内菌群失调而引起其他疾病。二重感染治疗比较困难，死亡率较高，应引起高度重视。
（7）可引起过敏反应由于动物个体的差异，很多抗生素如青霉素类、头孢菌素类、氨基糖苷类、大环内酯类、四环素类等都可引起过敏反应，严重时可引起过敏性休克。
（8）可产生耐药性由于我国在动物疾病的预防和治疗中广泛使用抗生素，且有的甚至滥用抗生素，耐药菌株在日益增多，是目前国内外共同面对的一个难题。既要做到用抗生素预防和治疗动物的疾病，又要做到减少耐药性菌株的产生，我们必须合理使用抗生素，避免不合理的滥用。