孔子，名孔丘，字仲尼，公元前551年生于鲁国陬邑，即山东曲阜。
鲁国是周公儿子伯禽的封地，素有礼乐之邦之称。到孔子出生时，礼乐仍保持完好。鲁国根深蒂固的礼乐传统对孔子有深刻的影响。
孔子晚年致力于教育，整理《诗》、《书》等古代典籍，纂修《春秋》。公元前479年，孔子去世，被葬在鲁城北的泗水之上。
孔子去世的第二年，鲁哀公为了表示对孔子的尊崇之意，就将孔子生前所居住的堂室封为“寿堂”，又将孔夫子平生的衣冠、琴、车、书等保存在寿堂中。
据《孔氏祖庭广记》第二卷记载：“鲁哀公十七年立庙于旧宅，守陵庙百户。”
孔子的旧宅也称故宅门，里面有御赞碑亭一间，据说是孔子生前所居之堂的位置。作为最初祭祀孔子的地方，孔庙里到处可见后来的历代皇帝、文人墨客以及达官贵人的踪迹。通过这些名人踪迹，可以反映出孔子这位至圣先师在人们心目中的地位。
公元前195年的冬天，汉高祖刘邦来阙里孔庙，并“以太牢祀孔子”，同时封孔子九代孙孔腾为“奉祀君”，这是帝王祭祀孔子的开始。
从哀公立庙到汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”的300多年里，是我国思想发展史上的一个特殊时期，社会形态经过了从奴隶制向封建制的过渡，与奴隶制相适应的思想理论更替为与封建制相适应的儒学思想理论。
在这一重大转变的过程中，历经了战国时期的诸子百家争鸣、秦始皇焚书坑儒、汉初霸王道杂之等一系列的思想运动。
儒家思想在孔子基本思想的基础上经过曾子、子思、孟子及汉初儒生的进一步改造和发展，在政治上适应了当时大一统社会的思想需要。
特别是董仲舒将儒家思想与神学的有机结合，并创立了以儒家思想为基本内容的神学目的论之后，儒学第一次在理论上论证了封建中央集权的合理性和必要性。
儒家的这一思想迎合了汉武帝的统治需要，故而被推上了独尊的地位，孔子作为儒家思想的奠基人也就理所当然地被推上了圣人的地位。随着孔子的地位升高，祭祀孔子的庙宇也就越来越受到当朝皇室的重视。
到唐初，曲阜孔庙已经颇具规模。960年，宋太祖“谒孔子庙，诏增修祠宇，绘先圣先贤先儒像，释奠用永安之乐”。“962年诏祭孔子庙，用一品礼，立十六戟于庙门”。
1008年，宋真宗：
赐孔子庙经史，又赐太宗御制御书一百五十卷，藏于庙中书楼。二年，春二月，诏立孔子庙学舍。三月颁孔子庙桓圭一，加冕九旒，服九章，从上公制。夏五月，诏追封孔子弟子，秋七月加左丘明等十九人封爵。1010年，颁释奠仪注及祭器图，建庙学。
金朝从1142年至1195年，修孔庙8次，元朝修孔庙13次，明朝23次，其中因1499年突发大火，孔庙遭受重大火灾，烧毁殿庑各房123间。浙江道监察御史余廉奏请修孔子庙，历时4年功成，初步形成规模。
万仞宫墙原名为仰圣门，是明朝时曲阜城的正南门。1512年，明武宗下令建城卫庙，并“移城卫庙”，开始建设曲阜砖城，历时10年，在明嘉靖年间完成了以孔庙为中心的政治、经济、文化、军事功能齐全的曲阜县治的建设，使曲阜庙城的功能发生了具有历史意义的社会变迁。
于是，以孔庙、孔府为中心修筑了明曲阜城墙，并在与孔庙正南门相对处设立城正南门，与孔庙对应，相映成趣。
后来，清代的乾隆皇帝到曲阜来拜祭孔子，为了显示他对孔子的敬仰，就亲笔书写了“万仞宫墙”4个字镶于城门之上。
金声玉振是孔庙门前的第一座石坊，这里的“金声玉振”的4字还是有来历呢？据说，孟子对孔子有过这样的评价：
孔子之谓集大成。集大成者，金声而玉振之也。金声也者，始条理也；玉振之也者，终条理也。
金声玉振表示奏乐的全过程，击钟则金声开始，击磐则玉振告终。因此，孟子此语是以此象征孔子的思想集古圣先贤之大成，赞颂孔子对文化的巨大贡献。
后来，人们就把孔庙门前的第一座石坊命名为“金声玉振”。
金声玉振坊石刻，有四楹，石鼓夹抱，四根八角石柱顶上饰有莲花宝座，宝座上各蹲踞一个雕刻古朴的独角怪兽“辟天邪”，俗称“朝天吼”。
两侧坊额浅雕云龙戏珠，明间坊额填色4个大字“金声玉振”，笔力雄劲，是明朝时期著名的书法家胡缵宗题写的。
坊后是一座单孔石拱桥，桥面是二龙戏珠的石阶，桥下清流呈半圆绕过，这就是泮水，可惜泮水被石块封盖，只有泮桥独存了。
桥后东西各有一通石碑，立于金明昌二年。石碑上刻有“官员等人至此下马”，因此，人称“下马碑”。过去文武官员、庶民百姓从此路过，必须下马下轿，以示尊敬。就连皇帝祭祀孔子也要下马而进，由此可见孔庙的地位。
棂星门是孔庙的第一道大门，棂星，即灵星，又名天田星，古人认为它“主得士之庆”。古代祭天，先要祭祀灵星。孔庙设门名灵星，是说尊孔如同尊天。
棂星门为木质门，到了后来的清代，孔子的第七十一代衍圣公孔昭焕将其改为石质。棂星门在泮水桥后，四楹三间。四根圆石柱中缀有祥云，顶上雕怒目端坐的天将。
棂星门的额枋上雕有火焰宝珠，额坊由上下两层石板组成，下层刻有后来乾隆皇帝手书的“棂星门”3个大字，上层刻绦环花纹。
棂星门后有一坊，为至圣庙坊，上有题刻篆字，为“宣圣庙”3字。后来改为至圣庙坊，为汉白玉石刻制，三间四柱，柱饰祥云，额坊上饰火焰宝珠。
后人为了赞颂孔子思想对我国社会所发生的深远影响，就使用了“德侔天地”、“道冠古今”8个字，意为孔子的主张是最好的。
因此，在孔庙第一进院落左右两侧，修建了两座对称的木质牌坊，东题“德侔天地”，西题“道冠古今”，为孔庙的第一道偏门。
两坊具有明显的明代建筑风格，建筑为三间四柱五楼，黄色琉璃瓦，如意斗拱，明间13踩，稍间9踩，中夹小屋顶5踩。坊下各饰有8只石雕怪兽。居中的4只天禄，披麟甩尾，颈长爪利。两旁的4个辟邪，怒目扭颈，形象怪异。
圣时门的名称是由后来的清代皇帝命名的，据《孟子》记载：
伯夷，圣之清者也；伊尹，圣之任者也；
柳下惠，圣之和者也；孔子，圣之时者也。
意思是说，在圣人之中孔子是最适合时代的，所以雍正皇帝钦定孔庙正门名为“圣时门”。
圣时门始建时为三间，后来扩为五间，中设拱门三券，碧瓦歇山顶，四周是深红的墙皮，券内是杏黄的墙里，前后石阶上各有石刻龙陛。由拱门内望，有深邃莫测之感。
过圣时门，豁然洞开，偌大一个庭院，古柏森森，绿荫匝地，芳草如茵。迎面三架拱桥纵跨，一水横穿，碧波涣涣，荷叶田田，环水雕刻有玲珑的石栏。水“壅绕如壁”，故名“壁水”，桥因而得名，称“壁水桥”。
桥南有东西二门，甬道相连，东匾“快睹门”，取自李渤“如景星凤凰，争先睹之”语，即先睹为快之意。西匾“仰高门”取自《论语》中的“仰之弥高”语，赞颂孔子学问十分高深。
这是孔庙的第二道偏门，过去只有皇帝祭祀才可走正门，一般人只从仰高门进庙。
壁水桥北面有一门，名为“弘道门”。门修建很早，而弘道门之名始于清代，取《论语》中“人能弘道”之意，用来赞颂孔子阐发了尧舜禹汤和文武周公之道。
弘道门门下有元碑两通，东碑为“曲阜县历代沿革志”，记载了曲阜的变迁沿革，史料价值很高。西碑为“处士王处先生墓表”颇有书法价值，是后来移入孔庙保管的。
大中门原名“中和门”，中和意为用孔子的思想处理问题都可迎刃而解。明代扩建庙时改称大中门，以赞孔子的学问是集人类知识之大成，中取中庸之意，“中者天下之正道，庸者天下之定理”，中不偏，庸不易。
大中门较弘道门长且狭窄，共五间，大中门左右两旁各有绿瓦拐角楼一座，是为了使孔庙像皇宫一样威严而建的。
角楼有三间，平面做曲尺形，立在正方形的高台之上，台的内侧有马道可以上下。此两角楼瓦庙东北、西北两角楼构成一个巨大的长方形，以供守卫之用。
过大中门，即进入孔庙第四进庭院。院落疏阔，古树葱郁，禽鸟翔集夏天鹳飞鹤舞，白鹭翩翩，冬春鹊鸣雀喧，昏鸦噪晚，显得十分幽深。
入大中门，迎面迎面即为“同文门”。同文门有五间，两侧有回廊。同文门原名参同门，取孔子之德与天地参同之意。
因孔子一生从事教育活动，晚年从事整理我国古代文献工作，对我国文化的统一作出了重大贡献，故以同文命名。
门屋黄瓦歇山顶，斗拱布局疏朗。大门为以前我国传统的宫殿式建筑，在主体建筑之前常有小型建筑作为屏障，以表示庄严，同文门就担当着奎文阁的屏障作用。“同文门”3字为后来的清代乾隆皇帝亲手书写。
过了同文门，院北端一座高阁拔地而起，顶檐下群龙护绕的一块木匾上大书“奎文阁”3字，它就是以藏书丰富、建筑独特而驰名中外的孔庙藏书楼。
奎文阁始名为藏书楼，奎文阁中的“奎”是星名，二十八宿之一，是西方白虎之首，有星16颗，“屈曲相钩，似文字之画”，所以《孝经》称“奎主文章”，后人进而把奎星演化为文官首。后代封建帝王为赞颂孔子，遂将孔庙藏书楼命名为奎文阁。
奎文阁结构合理，坚固异常，经受了几百年风风雨雨的侵袭和多次地震的摇撼，仍然无恙，岿然屹立。阁西碑亭中记载康熙年间地震的石碑，就是奎文阁坚固的旁证。
阁前廊下石碑两通，东为“奎文阁赋”，是明代著名诗人李东阳撰文，名书法家乔宗书写。西为“奎文阁重置书籍记”，记载着明代皇帝命礼部重修赐书的情况。
奎文阁前有两座御碑亭，亭内外共有四通御碑。每通高6米多，宽2米多，碑下刻作龟形的碑座高1米多。碑额精雕盘龙，绕日盘旋栩栩如生，碑文内容以尊崇孔子为主。
东南的“重修孔子庙碑”为明宪宗朱见深所立，俗称“成化碑”。碑文极力推崇孔子思想，其中有“朕惟孔子之道，有天下者一日不可暂缺”之句。字为楷书，书体端庄，结构严谨，以精湛的书法著称于世。
院的东西两侧各有一所独立的院落，名为“斋宿”，在祭祀孔子之前，祭祀人员要在此戒斋沐浴。东院是衍圣公的斋宿所，相传清代的康熙和乾隆皇帝在祭祀孔子之前曾在此沐浴。后来，东院被开辟成孔子生平事迹展览。
西院是从祭祀官员的斋宿所，清代中期被废弃。清道光年间，孔子第七十一代孙孔昭薰将孔庙内的宋、金、元、明、清五代文人谒庙碑130余通集中镶嵌在院墙上，改称“碑院”。
这里的碑碣或流畅奔放，飘逸自如，或丰润温雅，神采飞动，或端庄典雅，质朴古拙，蔚然大观。
过奎文阁为孔庙的第六进庭院，院落狭长，里面罗列矗立着13座碑亭，两行排列，斗栱飞翘，檐牙高啄，黄瓦耀金，鳞次栉比。
这13座碑亭是专为保存封建皇帝御制石碑而建造的，习称“御碑亭”。亭内存碑55通，分别是唐、宋、金、元、明、清等七代所刻。碑文多是皇帝对孔子追谥加封拜庙亲祭、派官致祭和整修庙宇的记录，由汉文、满文等多种文字刻写。
道北五座碑亭建于后来的清代康熙、雍正、乾隆年间，道南的八座亭中，四座为金、元建筑，东起第三六座为金代所建，第四、五座为元代所建，其余四座为清代所建。两座正方形的金代碑亭，斗栱豪放，布置疏朗，是孔庙最早的建筑。
各亭石碑多以似龟非龟的动物为趺，名为“赑屃”，据说是它是龙的儿子。传说龙生九子，各有所能，赑屃擅长负重，故用以驮碑。
碑亭中最早的是两通唐碑，一是立于唐高宗总章年间的“大唐赠泰师鲁先圣孔宣尼碑”；一是立于唐玄宗时期的“鲁孔夫子庙碑”，两通石碑都位于南排开东起第六座金代碑亭中。
在孔庙内1372通碑刻中，如果按重量来说的话，最重的一通碑应数清代的康熙御制碑，康熙御制碑位于大成门东侧。通碑碑身重35吨，连赑屃水盘共65吨重。
此院的东南、西南部，各有一片丛林似的碑碣。北墙朱栏内还镶着大量刻石，均为历代帝王大臣们修庙、谒庙、祭庙后所刻。如从书法艺术上来看，真草隶篆，各有千秋。
碑亭院两侧，东建有毓粹门，西建有观德门，供人出入，人们依照皇宫之名，称为东、西华门，这也是孔庙的第三道偏门。
碑亭北，有五门并列居中的一座门，名为“大成门”，它是孔庙第七道大门。
大成门初建之时名为仪门，“大成”是孟子对孔子的评价。他说：“孔子之谓集大成”，赞颂孔子达到了集古圣先贤之大成的至高境界。后来因建造了大成殿而得名大成门。
原门三间，重新之后改用黄瓦、彩绘斗拱，前后各用四根石柱擎檐，前后中央四根深雕云龙蟠柱，其余四根为浅雕花纹，前后台阶中有浮雕龙陛，均为明代中期的雕刻。
大成门可以将孔庙分成三路，东为承圣门，院内为奉祀孔子上五代祖先的地方。西为启圣门，内奉祀孔子父母。中路三门并立，东西各有掖门，东为金声门，西为玉振门，中路为祭祀孔子夫妇及历代先贤先儒的地方。
大成门里东侧有一石栏，栏内有一棵桧树，相传为孔子亲手所植，故名“先师手植桧”。
这颗桧树最早的记载见于唐人封演所著的《封氏闻见记》，书中写道：
兖州曲阜文宣王庙内并殿西、南，各有柏叶松身之树，各高五、六丈，枯槁已久，相传夫子手植，永嘉三年其树枯死。
据说，手植桧树原本有3棵，在309年晋怀帝永嘉年间的时候枯死，在隋朝大业年间复生，唐代又枯，宋康定年间再生，在后来金贞佑年间毁于兵火。到此，相传原孔子手植的桧树绝迹。
1294年，三氏学堂的教授张闿将原东庑废墟上发出的桧树苗移栽到这里，才得以存有第四代手植桧。后来屡次遭遇大火，只剩下了约有半米高的树桩。
院内石栏内保留的是第四代树的树根，上面高耸的桧树是清代雍正年间复生的再生桧。因此，如果算孔子亲植，那么正好是第五代树。
手植桧树高大劲拨，围有两人合抱，枝冠似伞，树身似铜，高达15米，树头向南倾斜。清代复生的手植桧树的形状，竟和明代万历年间的圣迹图石刻上原手植桧的形状几乎完全一致。有人认为这与地理位置有关系，也有人说这是孔子庇佑这方土地。
先师手植树历来都受到当权者的重视，自古就有“此桧日茂则孔氏日兴”的说法。因此，人们经常将它和孔氏子孙的命运联系在一起。
宋代诗人米芾还曾将手植桧与帝王王朝的命运联系在一起，有诗为证：
矫龙怪，挺雄质，
二千年，敌金石，
纠治乱，如一昔。
树东立有一碑《先师手植桧》，字体酣畅，浑厚有力，是明代杨光训手书。
曲阜孔庙城墙