入职工保险可以不需要停农合保险。职工保险和新农合没有任何关系，所以不存在必须停交的问题。
社会保险和新农合是有区别的：
缴费方式上：
1.社保分两种，一种是城镇职工社保，即单位和个人各承担一部分;一种是城镇居民社保（一般是没有工作的人员），自己承担全部费用。
2.新农合则是个人承担为主，国家会给予一定的补贴。各地标准不一，每年都会在特定的时间收取费用。
报销范围不同：
二者最大的区别在于医保报销上。
1.社保中的医保是用于看病报销的，其中主要包括政策内住院医疗费用报销、生育补助以及普通门诊统筹医疗费用报销。
2.新农合各地报销比例不一样，门诊报销范围比社保多，除了住院补偿的话还含有大病补偿。
3.总的来说，如果是在农村乡镇医院看病的话，新农合报销比例高于社保，如果是市级医院治疗，则社保报销比例比新农合高。社保和新农合的报销在不同地区的医院报销比例是不一样的。在此还有补充一点就是，社保和新农合在报销时只能报销一处。也就是说如果在社保报销了，就不能在新农合报销了。在新农合报销了，也就不能在社保报销了。
4.在城务工人员如果长期居住在城市，那就可以考虑不缴纳新农合了。