扣工资税计算方法是：
1、应缴税所得等于总工资减社会保险金减免征额。
2、工资个人所得税等于应缴纳所得税乘以税率减去速算扣除数。一般情况下，工薪可以以时薪月薪。
年薪等不同形式计算工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴补贴、加班加点工资特殊情况下支付的工资等六个部分组成，需要注意的是：社会保险金通常指五险一金、三险一金，主要包括基本养老保险、失业保险、基本医疗保险、工伤保险。生育保险、住房公积金。免赔额是指免赔的数额及个人所得税的起征点。工资扣税时是从工资的薪金中减去五险一金的数额，然后再去除扣除数额的差值和税率的乘积，最后再减去速算扣除的数额。工资税是有一定的起征点的，工资需要以货币的形式及时支付给劳动者，是不能够无故扣除或者是拖欠的。
工资税，即个人所得税。因为个人所得税里有一项是工资、薪金，故名。个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。居民纳税义务人负有完全纳税的义务，必须就其来源于中国境内、境外的全部所得缴纳个人所得税；而非居民纳税义务人仅就其来源于中国境内的所得，缴纳个人所得税。个人所得税是国家对本国公民、居住在本国境内的个人的所得和境外个人来源于本国的所得征收的一种所得税。在有些国家，个人所得税是主体税种，在财政收入中占较大比重，对经济亦有较大影响。
《中华人民共和国个人所得税法》
第十一条 居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。
居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。
非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。