金陵十三钗最后结局是十二个女人和那个男孩代替十三个女学生去了日军的聚会，而神父则用卡车载着十三个女学生逃离了南京。
1937年南京沦陷，只有一座天主教堂暂时未被占领，教会的女学生、一些风尘女子、军人和伤兵，以及美国人约翰，都先后进了教堂，他们共同面对一场生死浩劫，产生了各种各样奇妙的感情。
但是，教堂也不是永远的净土，不久日军冲进教堂发现了女学生，殊死抵抗的军人在千钧一发之际开枪救女学生，英勇牺牲。后来，日军又强征女学生去庆功会为日军表演节目。
由于女学生们不愿被日军凌辱，准备集体自杀，却被玉墨救下。最后，这13个平日里被视为下贱的风尘女子，在侵略者丧失人性的屠刀前，激发了侠义血性，她们身披唱诗袍，怀揣剪刀，代替教堂里的女学生，去赴一场悲壮的死亡之约。
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《金陵十三钗》是2011年张艺谋执导的一部战争史诗电影，根据严歌苓同名小说改编。克里斯蒂安·贝尔、倪妮、佟大为、张歆怡、黄天元和渡部笃郎等联袂出演。影片于2011年12月15日在中国内地上映。
电影的故事以抗日战争时期的南京大屠杀为背景，讲述了1937年被日军侵占的中国南京，在一个教堂里互不相识的人们之间发生的感人故事。一个为救人而冒充神父的美国人、一群躲在教堂里的女学生、14个逃避战火的风尘女子以及殊死抵抗的军人和伤兵，他们在危难的时刻放下个人的生与死，去赴一场悲壮的死亡之约。
参考资料来源：百度百科-金陵十三钗
小男孩跟秦淮十二个风尘女子被日本人带上车，那个日本军官对孟先生说一句“看到你女儿了吧！”就啪唧一枪把孟先生打死了。
后来神父就把女学生装在大卡车车厢里，上面盖了好多木板。还有几箱红酒，用来引诱日本人。后来到关卡的地方，神父拿出通行证，红酒被日本人扣留了，女学生顺利逃走了。
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在电影中，导演给了一个开放性的结局：秦淮缓缓流，在日军的围剿中，贝尔带着一群鲜活的生命完成了最后一次惊心动魄的突围，直到卡车卷起烟尘，消失在一片阳光之中。赵玉墨是唯一活下来的，被毁了容，并在战争结束后作为证人在法庭指证日本的罪行。
在小说里，是美国人魏特琳从国际安全区里开来了一辆救护车，并且带来了一名理发师，帮助女孩子们女扮男装，成为一群小男生，全部换上条纹病号服，先把她们送进了安全区，然后偷偷地送到南京附近的乡下，再从那里乘船到芜湖，而后转船去了汉口。
有的人推测《金陵十三钗》男孩的下场非常惨烈，据人们对日本军人的了解，他大概一去到了现场没有多长时间就被杀害了。 其实这部作品可看性真的很高，它完美地揭露了在被日本侵略的时候小人物的生活有多么悲惨，遭到侵害的人们有多么广，同时也展现了人们的爱国之心。
其实《金陵十三钗》男孩的下场可以不那么惨的，但是他为了拯救祖国未来的人才还有年轻人，主动提出深入虎穴。其实这个故事讲述的是一些女学生被日军盯上了，并且以邀请跳舞为理由，让她们一定要去军队里面。
而这个学校的校长则把她们藏起来了，可是还是被发现了。所以那个时候的妓女为了拯救祖国的未来，绝对代她们前去，其实这样做是非常危险的，先不说敌人能不能分辨出她们是不是学生，只要去了哪里能否活着回来还不一定。
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剧情简介
1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。
幸免于难的书娟（张歆怡饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一起来到的，还有受雇远道至此收殓神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔饰）。
此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择。
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