藏红花那橙红的颜色，来源是一种被称为藏红花素（Crocin）的物质所赋予的。藏红花素分子式为C44H64O24，其结晶为深红色，而溶于水后，由于浓度从低到高显示出从浅黄、金黄到橙色的颜色。其实藏红花的橙红色，就是因为其中含有大量藏红花素所致。而少量藏红花所能溶出的藏红花素有限，因此只会成为浅黄或金黄色，而绝非成为粉红至红色。只有当将藏红花粉置于水中时，才会由于红色颗粒的分散使得水看起来呈现红色，而当静置一会儿，待颗粒物沉淀后，上方的溶液依然是橙黄色的。
藏红花素之所以会成呈现为橙黄色系，这和它的分子结构是分不开的。藏红花素分子由一个类胡萝卜素核心和连接于其上的糖所组成的糖苷形成构成。而黄色-橙色，正是类胡萝卜素的“正统”颜色。
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