抗生素会产生一些不良反应副作用，副作用的严重程度与用药量、疗程及个体差异有关，可能会涉及多个系统。以下是抗生素常见的危害：
过敏反应：抗生素导致的过敏反应非常常见，在所有药物不良反应的比例中占据第一位。抗生素过敏可出现药疹、荨麻疹、血管神经性水肿、血清病样反应、剥脱性皮炎、大疱表皮松解症等。
毒性反应：抗生素如果用量过大或用药时间过长，就可能会引起毒性反应。对神经、血液系统、肝脏、肾脏、消化系统以及听力等都可能造成损害。
二重感染：正常情况下，人体的口腔、呼吸道、肠道都有细菌寄生，而且菌群处于一种平衡的状态。如果长期使用广谱抗生素，就可能会使敏感菌群受到抑制，而不敏感的菌群则乘机大量繁殖，造成二重感染。
肝损害：几乎所有的抗生素都可引起肝脏损害，只是程度不同而已。肝脏受损的形式多样，可表现为肝脂肪变性、胆汁淤积、肝细胞坏死、急性肝衰竭等。
肾损害：大部分抗生素均以原型或代谢产物经肾脏排泄，故可致肾损害抗生素引起的肾损害多为急性肾小管坏死和急性间质性肾炎等。
神经系统损害：大剂量青霉素静滴可引起癫痫发作；链霉素、卡那霉素、庆大霉素等可损伤第八对脑神经而导致耳聋。
血液系统损害：氯霉素可引起再生障碍性贫血；四环素可引起严重的骨髓抑制；红霉素和氯霉素可引起溶血性贫血。
消化系统损害：大剂量青霉素和四环素可引起胆汁郁滞和肝细胞坏死。