根据上述职责，市财政局内设16个科级职能机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常事务工作；承担文稿起草、信息、新闻、文件督办、安全保密、信访、政务公开等工作；拟定机关内部工作制度；承担机关财务和直属事业单位资产管理工作。
（二）组织人事科
负责局机关和直属单位的组织人事管理工作；拟定并组织实施本系统的教育培训规划；调查研究本系统干部队伍建设状况；协助机关党委、工会、团支部、妇委会工作，负责机关离退休干部管理工作。
（三）综合科（三亚市非税收入管理局）
负责拟定预算外资金管理的有关政策、规章和制度；负责监缴行政事业性收费、政府性基金、罚没收入及其他收入；管理有关政府性基金；对住房、物价、国有土地使用制度调整改革提出政策性建议；负责监管住房公积金和行政事业单位住房基金；负责行政事业单位收费、罚没票据监管工作；承担彩票管理的有关工作。
负责全市非税收入管理工作；拟定和贯彻执行非税收入管理制度和政策；会同有关部门拟定国有土地使用权出让收入和国有海域使用金收入的政策规定；负责编制和汇总市本级非税收入年度征收计划；负责市本级非税收入的征收管理和稽查工作；负责全市非税收入统计和分析工作。
（四）财政政策法规科
负责拟定我市财政发展中长期规划及政策；拟定我市产业发展财政扶持政策；负责拟定我市民生和社会事业发展等重要支出的保障机制；负责建立财政支出绩效评价体系，对我市重点项目的财政投入和产出效益性进行分析；拟定我市财政地方性法规、规章和制度；负责综合性政策问题的调研工作；承担本系统普法工作。
（五）预算科（税政科）
负责编制全市年度财政预算（草案），执行经市人大批准的财政预算；制订全市财政管理制度，提出增收节支和平衡财政收支的政策措施与建议；指导乡镇财政预算工作，批复乡镇财政决算；办理预算追加、调整事项；在国家政策规定范围内，审核和办理地方税收收入的退库业务，负责企业增值税退税申请的初审工作,研究税收政策、结构调研工作；联系、处理和协调与税务部门的税收业务工作。
（六）国库科
管理本市预算指标；负责总预算会计核算工作，办理预算内外资金收支结算划拨；办理预算指标追加、追减；负责市本级财政资金调度，汇总、编制市本级和全市财政总决算；分析全市财政预算执行情况；统一管理市本级财政资金账户，研究和推行国库集中收付制度。
（七）行政政法科
负责行政、政法、教育、科技、文化等方面的部门预算有关工作；拟定行政性经费和事业单位通用的财务管理制度；贯彻执行国家相应的经费管理制度和开支标准；监管有关经费及专项资金；负责财政预算内行政机构、事业单位和社会团体的非贸易外汇管理；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作；按规定管理重大科技专项资金；审核、批复分管部门和单位的年度决算。
（八）经济建设科
负责工业、交通、资源、建设、商务等方面的部门预算有关工作；参与拟定重点建设投资的有关政策；拟定基本建设财务管理制度；承担有关政策性补贴和专项储备资金财政管理工作；负责对国家投资项目的财政拨款使用效益进行分析、检查和监督，审核、批复分管部门和单位的年度决算。
（九）农业科
负责农业、林业、水利等方面的部门预算有关工作；管理支农专项资金；管理政策性农业和扶贫专项贷款贴息，统筹安排本级财政扶贫资金及农业综合开发资金的选项、分配、借贷，并监督、跟踪反馈资金的使用效益；负责制定农业财务管理制度，审核批复农、林、水等部门及农业综合开发资金的年度预算和决算；负责农口专项资金报账工作。
（十）社会保障科
负责人力资源和社会保障、民政、卫生等方面的部门预算有关工作；会同有关部门管理本级财政社会保障和就业及医疗卫生支出，会同有关部门拟定和贯彻实施有关资金（基金）财务管理制度；承担社会保障金、社会保险基金财政监管管理工作；拟订相应的财务制度；审核批复上述范围内单位年度预算和决算。
（十一）企业科
负责国有资产监督管理等部门预算有关工作；提出本市企业改革和发展的财政政策建议；拟定企业财务制度及企业财务会计报告编制办法并组织实施；承担国有资本经营预算的有关工作；承担有关资产评估管理工作,参与对民族贸易企业的认定工作。
（十二）政府采购管理科
拟定政府采购管理办法；制定政府集中采购目录；负责审核本级预算部门和单位政府采购预算；对政府采购政策执行情况实施监督检查；建立和管理本级政府采购评审专家库；处理投诉；统计汇总政府采购信息。
（十三）资产管理科
负责落实国家对行政事业单位资产管理的法律、法规和政策；监督检查行政事业单位国有资产管理政策的执行情况；负责行政事业单位资产统计报表；按规定办理行政事业单位的产权界定、产权纠纷调处；承担本市行政事业单位国有资产有关审批事项。
（十四）债务金融科
负责办理中央和地方投入的基本建设资金（包括国债转贷资金）的拨款；负责政府国内外债务的管理工作；办理世界银行、亚洲开发银行以及国外金融组织贷款的有关业务，对贷款项目进行跟踪检查；参与国外贷款谈判与磋商业务，审核办理担保手续；负责下岗失业人员小额担保贷款管理；组织农业保险工作；配合市政府在国内外的筹资，管好政府贷款项目的债务。
（十五）会计科
负责管理全市会计工作；拟定并组织实施国家统一的会计准则制度、注册会计师行业规章制度；负责全市会计从业资格和会计人员继续教育工作；按照规定承担会计专业技术资格管理工作；负责设立代理记账机构的审批工作,承担指导和监督注册会计师、会计师事务所业务的工作。
（十六）财政督察办公室
对全市的财政收支执行情况和预算执行情况进行检查和监督；负责对各部门及社会团体、企事业单位执行财政法规、政策、制度等情况进行监督检查；负责对违反财经纪律的事件及违纪人员进行调查，提出处理意见；负责对各部门及其所属各单位的预算执行、预算外资金收取、管理和使用等收支两条线情况的检查和监督；负责对财政性资金管理使用效益的情况进行检查和监督；负责对有征收任务部门的征收、退付预算收入以及本级国库办理预算收入的收纳、划分、留解退付和预算支出拨付的情况进行监督；负责起草全市财政监督的有关规章制度；按有关规定负责对会计任免和政府采购等活动进行监督。
