首先，如题，这是一种“习惯”，这种习惯并不是玩QQ才出现的习惯，而是人在交往中，很早就形成的习惯。比如。打电话的时候，对方接起电话，你的第一句话会是“hello”、“喂”，而不是上来就一言不发讲事情。在街上碰到人，不管有没有话讲，首先是要寒暄几句“吃了没”、“好巧啊”、“近来好吗”，哪怕你并不想搭理他……所以这是一种习惯，人际交往的习惯。
其次，因为QQ的功能，你可以随时去找一个人，这是很方便的地方，但是，并不是你去找谁，人家就一定在线上的，所以问“在吗？”其实是确认一下对方有没有在线，当然，如果对方在线，回应了你，你们俩自然就可以开聊了。
第三，其实，我觉得这个意义远远大于前两者，是什么呢？就是，比如说，你俩不熟，但是你又确实有事情要找他，尴尬地不知如何开头，这时“在吗”首先是挑起一个话端。这也是为什么，我看到别人给我发“在吗？”就感到心慌的原因，总觉得前面有话等着我，恨不得回过去一句“不在”。
所以，“在吗？”两个字，其实也是给被答话者一个选择，因为你如果不想跟对方聊，大可以假装没看见，当然，如果你愿意承担“后果”的话……
当然，我认为，“在吗？”虽然出现频率较高，但并不是适用于任何场合，一定有那么一些人，不用去试探，不用去客气，一上来就可以说事的，比如死党。
为什么人总是喜欢在QQ上问“在吗”？我不知道别人，就我个人而言我不是很喜欢别人问我在吗？一单别人问道我“在吗”的时候，我心里总是有种不好的预感，这个人是不是又要找我做什么？这个人这么问有什么目的？我会有一种未知的恐慌感，我喜欢别人直接了当的有事说事，我能做到就做，直接一点不好吗?
我一般也不会问别人“在吗”，通常我会这样问的时候就代表我跟他不是很熟，如果我只是向找他聊聊天而已的话，压根就用不上问“在吗”这个词，我会直接把我想要跟他说的话一股脑的说了，他有时间看到了就会直接回我，没有立刻会的时候就代表他没有时间，我也不会在过多的去交流打扰他。
有人会觉得问“在吗”这个是一种礼貌，我不这样认为，当你跟他是朋友的时候，你有事情找他会直接也不会觉得这是一种打扰，但是你跟对方不熟悉的时候，你要想找别人帮忙这本身就是一种打扰，别人也会觉得莫名其妙，我跟你又不熟，你怎么会找到我呢？我到底该不该帮你，有可能压根就不希望你打扰到他吧。
不过我们现在的社会到哪里都需要交际网，本来就是你麻烦我，我麻烦你，在这个中间产生友谊，一句“在吗”或许没那么重要，但这也是一个友谊的敲门砖，希望大家都不要 怕麻烦，不要觉得这个反感。