清道光年间，普宁城外的氵戎水、铁山、桂江三都地区，学者们如方高、苏才及庄德容倡导复兴教育，得到了知县陈凤图的支持。他主持在练江北岸创建了三都书院，其兴起源于众人的热情，乡民和侨胞积极捐资设立“学田”和收取“学租”，共同构建了这座书院。
1830年（清道光十年），三都书院竣工，东莞教谕苏才担任山长。这座书院与昆冈书院和上社书院并列为普宁三大书院，占地2100平方米，有三进两厢布局，中厅供奉文昌帝君，后楼供韩文公像，设有28间教室和宿舍。1871年，潮州总兵方耀出资重修并置办学田，奖励考试前三名的学生。
1906年，随着科举制度的废除，书院改设为高等小学堂，课程涵盖修身、读经等。尽管名称改变，但三都中学的学生仍视其为自己的学校，认为是名称的延续。1912年，三都小学堂改名“三都高等小学”，1924年，增设初中部，成为普宁县立第二初级中学，首任校长陈岱山，奠定了今日普宁市第二中学的基础。
学校历史中，历经多次变迁，如迁址、改制、复办等，其中在1938年，合并流沙中学和洪阳中学，成为普宁市第二区区立中学。1945年，学校复校并发展为重点中学，直至1969年，三都初级中学在原址恢复，并沿用至今。2010年，学校面临校舍不足的问题，通过校友和热心人士的捐赠，新建教学大楼，解决了教学困难，为学校的发展注入了新的活力。
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