农业部科学事业单位的修缮购置专项资金管理有着严格的监管机制，以确保资金使用的合规性和效益。科技教育司在项目实施过程中扮演重要角色，他们负责对修购项目的执行情况进行定期的监督和核查，以确保项目的顺利进行和资金使用的透明度。财务司则与科技教育司合作，共同监控修购专款的使用情况，包括资金的入账和资产管理，确保每一笔资金都得到合理利用。
对于项目的结余资金，如果项目提前完成，或者因项目终止、撤销或资金长期未动用（连续两年或三年），这部分资金将被认定为净结余。这些资金将由财务司进行统筹安排，用于其他符合规定的项目支出，以避免资金闲置。
对任何违反修购专款管理规定的行为，如弄虚作假、擅自改变资金用途、挤占挪用或导致资金损失，农业部将严格执行相关法律法规，进行严肃查处，以维护专项资金管理的公正和有效性。
《农业部科学事业单位修缮购置专项资金管理实施细则》，为规范和加强“中央级科学事业单位修缮购置专项资金”的管理，根据财政部《中央级科学事业单位修缮购置专项资金管理办法》（财教2006118号）、中央财政项目资金管理及国有资产管理有关规定而制定。该细则列七章，三十五条（含附则），自发布之日起实施。