区别：
1.经营方式不同。京东自营店是京东商城自己独自运营的店铺，自己进货，自己经验。京东直营店则是京东商城将一部分店铺以出租的形式给第三方经营，叫非自营店。而京东只是负责提供一个双方买卖的平台，其他的品牌商进来的店铺，叫京东自营店。
2.两者扣点不同。第三方店铺京东的扣点不多，也就是说商家的利润多些，随之而来的就是流量也不多。销量不容易上去。
3.利润来源不同。商家把产品提供给京东自营，供货价不高，等于把零售利润出让了一部分给京东。换来的是流量大，可以上他们的各种活动，销量当然也很大。也就是说商家通过供货给京东自营，损失了一部分利润，换来了产品的高曝光率和销量。
扩展资料：
1.直营店优势：用京东自己的招牌做销售，口碑、服务、价格都有优势。对库存、销售的要求非常严格。产品可靠性、配套的售后、物流也是严格标准。有京东自营的配送体系和物流，以及签约的售后网点。缺点：因位置有限，产品线就比较短。可以选择的比较少。
2.自营店优势：就可以覆盖全品牌、全型号，产品多样化可供消费者选择。缺点也明显：林子大了，难免良莠不齐。物流有的用京东，也有的是自己的，也有外包的。售后有的按照厂家标准，有的按照京东标准，评价褒贬不一。
参考资料：