刑事案件检察院不起诉不会有案底。人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，而检察院不起诉，行为人不构成犯罪，自然不会有案底。案底在法律上称为犯罪记录，指有过刑事犯罪前科的档案记录，一般存放至公安部门与相关国家机关。
《刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。