控制发酵温度，一般来说农家肥的腐熟温度在60-65度左右为宜，过高会引起基料的过分分解造成养分的过量损失。过低达不到腐熟的状态。所以需要定期的检查料对内的温度，一般情况下，有机物生料的雄码高度1．2米左右，宽度1.8-2米之间，适合人工翻搅。最佳的翻搅温度为60-65度。且应把外皮的剥离后堆在中间部位。
菌种组合：单一菌种（株）效率有限，但易制作，因此价格不高；复合菌种需要大量组合配伍工作，制造工艺也相对复杂，使用成本稍高。但发酵效率和效果明显提升。温度。发酵的最佳开始温度应在25℃∼35℃。如果冬季发酵的话，建议在室内或大棚内。如果在室外，建议用塑料膜覆盖。
在发酵前要确定发酵物的水分符合要求，一般控制在40%～60%之间，水分太高了或者太低了都不容易发酵；控制好发酵时间，一般在7天左右。同时，为了更好地完成发酵，要注意在发酵过程中的翻动，以确保发酵所需的氧气。微生物一般适合在pH值中性或微碱性pH值过高或过低会影响堆肥光滑,富含纤维素和蛋白质的畜禽粪便最佳pH值在7.5 ~ 8.0之间,当pH值为5.0或更低基质降解率几乎为零。
用鸡粪、猪粪、羊粪等畜禽粪便做原料的有机肥，水分控制在40%左右，约含1.2吨左右原料＋5公斤菌液＋2-3公斤玉米粉混合拌均倒碎。堆成宽2米、高0.5米、长度不限的条形堆，需早施。 有机肥施入土壤后，需经微生物的分解逐步转化为可被作物吸收的可利用态，这是有一定时间才可以完成的，所以需早施。
现代堆肥发展在90年代的时候，国内基本掌握了堆肥的技术，工艺也慢慢变得成熟。
90年华北设计院污泥与生活垃圾堆肥中期实验；
97年北京科学研究院研制污泥动态发酵器；
99年中国农机院发出最早的槽式翻堆机；
02年中国农大研发复合微生物接种剂
常见工艺
根据有机肥工艺不同，需要注意也有所区别。
1、静态条垛堆肥：无需翻堆，能够确保堆体有效的达到高温和病原菌体灭活，缩短堆肥周期。
2、槽式发酵堆肥：槽式堆肥是将堆料混合物放置在长槽式的结构中进行发酵的堆肥方法，槽式堆肥的供氧依靠搅拌机完成，搅拌机沿槽的纵轴移行，在移行过程中搅拌堆料。堆肥槽中堆料深度为1.2～1.5米，堆肥发酵时间为3～5周。
3、动态条垛堆肥：通过人工或机械定期翻堆，来确保堆体好氧状态。
4、反应器堆肥：在一个容器或几个容器进行，能够有效地控制温度，水分，从而监控堆肥发酵程度。
有机肥发酵注意事项
发酵有机肥需要注意的几个因素，有机肥发酵的水分（水）、通透性（气）、温度（温），三者相互影响，互为关联。
概括表诉为：通透性调节是基础，水分调节是关键，温度调节是保证。
