和谐矿区建设在政策上得到中央政策和领导人的广泛支持，但是在现行的法律制度框架下，至少存在以下四个方面的制度障碍。
（一）法律框架不完善，居民权益保护缺位
矿产资源开发是一个资本投入产出的过程。开发成果应根据各利益相关方的投入来分配。政府拥有矿产资源国家所有权，企业在开发中投入了货币、技术和劳动。因此，政府获得了资源税、矿业权使用费及价款、资源补偿费，企业获得了利润。而在现行法律框架内，矿区居民既没有矿产资源所有权，也没有在开发中投入生产要素，仅仅是作为矿产资源开发的社会环境存在的，因此，其权益实际上不被法律所承认。也就是说，从静态投入产出看，矿区居民不具有矿产资源开发利益分配的资格。
（二）税费机制欠妥，国家财富流失
矿产资源是国家所有的，包含对矿产资源的占有、使用和处分。但是，目前法律对矿业权定位为用益物权，企业通过上缴矿业权价款和矿产资源补偿费，实际上获得了单位矿产资源的所有权。矿产资源的耗竭性决定了对矿产资源的开发使用本质是一种所有使用。虽然国家征收了矿产资源补偿费和矿业权价款，但是过低的费率并不能反映矿产资源的真实价值，损害了国家的所有者权益。企业在矿产资源开发中投入了劳动、技术、资金等资本，其获得的收益应该是这些资本投入的一般市场回报，而不应获得矿产资源本身市场化的收益。除去开发投入资本的回报和环境损害修复，矿产资源开发余下资本回报全部是矿产资源资本化的收益，是国家所有者权益。这是由矿产资源的国家所有的性质决定的。
同时，我国是一个贫矿多、富矿少，伴生矿多、单一矿少的国家，对于矿业税费的征收，应该进行差别化管理，通过各种激励手段，促进矿山企业提高“三率”，提升矿产资源开发综合利用水平。以储量征收的矿业税费制度，导致富矿、单一矿利润更高，贫矿、伴生矿利润更低，是鼓励采富弃贫的政策，不利于提高资源利用效率。
（三）环境代价低廉，自然生态受损
截至2008年底，全国因采矿活动占用、破坏的土地面积达330万公顷，其中地面塌陷面积43万公顷；固体废弃物的累计积存量353.3亿吨；2008年矿山废水废液排放量48.9亿吨。2006年至2008年引发的矿山地质灾害5000余次，造成直接经济损失近70亿元。矿山环境历史遗留问题严重，新建矿山环境监管有待加强，地下采、洞采引发的地质环境问题难以全面掌握，矿山环境管理抓手有待创新。大量的矿山环境问题损害了矿区居民的生命财产安全，影响了矿区的经济社会发展。
长期以来，我国矿产资源开发未将环境代价计入矿产市场成本，导致矿产品价格被扭曲。矿产品价格未包含环境恢复治理的成本。部分矿产企业通过低价策略，将环保水平高的企业赶出了市场，柠檬效应和逆向选择大行其道，破坏了矿业开发市场秩序。低环保水平企业在获得利润的同时，大量的环境污染和破坏危害了群众生命财产安全和地区的可持续发展。
（四）顶层设计缺乏，长远发展堪忧
和谐矿区建设关系到资源利用、环境保护、利益分配、矛盾调处、矿区文化等方方面面，是关系到矿区政治建设、经济建设、文化建设、社会建设、生态文明建设五位一体的总体工作安排，因此，如何加强顶层设计，从可持续发展的眼光，妥善解决矿区经济社会的长远稳定发展问题是和谐矿区建设的重要任务。