设施农用地申请审核程序一般程序：
(一)经营者申请
(二)镇申报
(三)县级审核
(四)设施农用地审核同意后，镇政府具体监督设施建设和用地协议的实施，县级国土资源部门做好土地变更调查，登记和台账管理等相关工作，县级农业部门做好土地承包合同变更和流转合同备案、登记工作。
具体要求：
设施农业经营者应拟定设施建设方案，方案内容包括项目名称、建设地点、用地面积，拟建设设施类型、数量、标准和用地规模等。涉及畜禽规模养殖的，向县农委提出申请，填写农业设施项目建设方案县农委依据畜禽养殖有关法规对畜禽养殖选址进行前期现场勘察，提出适宜性意见；达一定规模的（规模标准：肉猪年出栏500头以上，肉禽年出栏20000只以上，蛋禽存栏2000只以上，奶牛存栏20头以上），同时委托环保部门进行环境评价，编写环境评价报告书或环评报告表。
2.经营者与有关农村集体经济组织协商土地使用年限、土地用途、补充耕地、土地复垦、交还和违约责任等有关土地使用条件。协商一致后，双方签订用地协议。
3.涉及土地承包经营权流转的，经营者应依法先行与农村集体经济组织、农地股份合作组织或承包农户签订土地承包经营权流转合同。
4.涉及占用耕地的，经营者应出具设施农业用地复耕保证书，并按规定缴纳复垦保证金。
5.附属设施占用耕地的，由经营者按照“占一补一”的要求，委托如东县土地复垦整理中心补充耕地，签订委托补充协议书，并按规定缴纳耕地开垦费。经营者凭设施建设方案、用地协议、《如东县设施农用地申请审核表》等相关资料向镇政府提出用地申请。
镇政府组织镇农业和国土等部门依据设施农用地管理的规定进行审查。
2.镇农技部门对工厂化作物栽培和规模化种植设施建设的必要性与可行性进行审查，镇畜禽养殖管理部门对规模化畜禽养殖设施建设的必要性与可行性审查，镇水产部门对水产养殖必要性与可行性进行审查，镇农经部门对承包土地流转合同进行审查和鉴证，镇国土部门对用地协议、补充耕地、土地复垦等情况进行审查，并在《如东县设施农用地申请审核表》上签署审查意见，对镇相关部门审查符合要求的，镇政府在《如东县设施农用地申请审核表》上签署申报意见，并及时将有关材料呈报县政府审核，对不符合要求的，镇政府及时通知经营者，并说明理由。部门流程：1.县政府组织农业部门和国土资源等部门进行审核。2.县农委负责工厂化作物栽培、规模化种植、规模化畜禽养殖设施建设规模的认定，对设施建设的必要性、可行性，以及经营者经营能力进行审核。3.县海洋渔业局负责水产养殖规模的认定，对设施建设的必要性、可行性，以及经营者经营能力进行审核。4.县农办负责土地承包经营权流转合同的审核。5.县国土资源局依据农业等部门审核意见，重点审核设施用地的合理性、合规性以及用地协议、复垦保证金缴纳情况，涉及补充耕地的，要审核经营者落实补充耕地情况，做到先补后占。6．符合规定要求的，由县政府审核批准。所需材料（六书三图一证）：1.设施农用地申请审核表2.农业设施项目建设方案（较大规模畜禽养殖的须提供环评报告）3.设施农用地用地协议书4.设施农用地土地承包经营权流转合同5.设施农用地复耕保证书6.设施农用地附属设施委托补充耕地协议书(无附属设施的不需要)7.设施农用地选址位置图(基本农田保护区规划局部图，需国土所签署符合土地利用总体规划，不占基本农田意见)、土地利用现状勘测定界图（分幅现状图）和平面规划图8.经营者属企业的提供营业执照复印件，属个人的申请人提供身份证复印件。四、设施农用地申请审核中应注意的问题一、要保证材料的真实性，尤其是需要当事人签字的地方，不能代签，必须是当事人真实意图的表示。
二、关于时间问题农业部《农村土地经营权流转管理办法》：流转期限不得超过承包期的剩余期限（2028年12月31日止）2、省政府《江苏省农村土地承包经营权流转办法》对流转期限超过3年的土地承包经营权流转价格的确定，应当考虑价格变化因素和承包方的土地改造投入因素，分年段确定补偿标准。建议一般审批使用时限掌握在三年内为宜，特殊情况也不能超过2028年底。三、关于交费问题1、复垦保证金3元/平方米，按照设施农用地总面积计算，由镇财政所收取后，镇政府出具复垦保证金已交纳的证明2、耕地开垦费《省政府办公厅转发省国土资源厅等部门关于调整耕地开垦费征收标准意见的通知》（苏政办发〔2011〕120号），自9月1日起开始执行新标准，苏中地区17元/平方米。按照与复垦中心签订的委托补充耕地协议书上明确的附属设施的面积征收。没有附属设施的不交纳。