公司出售房屋需要缴纳印花税，双方都需要缴纳，合同金额为应纳税额。企业所得税，溢价越多，税费越高。还有土地增值税、契税等税费。企业应当依法纳税。
《企业所得税法实施条例》第五十七条 企业所得税法第十一条所称固定资产，是指企业为生产产品、提供劳务、出租或者经营管理而持有的、使用时间超过12个月的非货币性资产，包括房屋、建筑物、机器、机械、运输工具以及其他与生产经营活动有关的设备、器具、工具等。 第五十八条 固定资产按照以下方法确定计税基础： （一）外购的固定资产，以购买价款和支付的相关税费以及直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出为计税基础； （二）自行建造的固定资产，以竣工结算前发生的支出为计税基础； （三）融资租入的固定资产，以租赁合同约定的付款总额和承租人在签订租赁合同过程中发生的相关费用为计税基础，租赁合同未约定付款总额的，以该资产的公允价值和承租人在签订租赁合同过程中发生的相关费用为计税基础； （四）盘盈的固定资产，以同类固定资产的重置完全价值为计税基础。