深圳航空在深圳的航站楼是深圳宝安国际机场T3航站楼。
详细解释如下：
1. 深圳航空的主运营基地设在深圳宝安国际机场。作为中国重要的航空枢纽之一，深圳宝安国际机场拥有多个航站楼。
2. 深圳航空的航班主要在T3航站楼运营。T3航站楼是深圳宝安国际机场的主要航站楼之一，提供国内和国际航班的起降服务。
3. 旅客前往深圳宝安国际机场乘坐深圳航空的航班时，可以在T3航站楼办理登机手续，享受深圳航空提供的各项服务。
以上内容仅供参考，具体航班信息和航站楼安排可能有所变化，旅客可提前查询或咨询深圳航空的客服人员。