USB-HDD和USB-ZIP制作U盘启动盘有以下区别：
1、硬盘模式不一样。
USB-HDD即USB Hard Drives 的缩写，硬盘模式，即硬盘模式。通过把U盘模拟成硬盘来启动安装在U盘里的PE系统，通过模拟之后，就像是直接使用硬盘启动是一样的。
USB-ZIP模式即大容量软盘模式，使用这个模式制作U盘启动盘，进入U盘PE系统之后，它显示的盘符为A盘，即软盘。
2、启动速度不一样。
USB-HDD硬盘模式的特点是它的启动比USB-ZIP模式快。它可以快速启动安装在U盘里面的PE系统。使用HDD模式后，进入U盘PE系统，它显示的盘符是C盘。不过要注意的一点是，进入U盘的PE系统后，显示的的系统并非安装系统的C盘。
3、兼容性不一样。
使用USB-ZIP模式，对于U盘以及较新一些的电脑主板支持不太好，特别是一些大容量超过2G的U盘，兼容尤其差，不过在一些老的电脑上不支持USB-HDD模式的电脑，那么可以使用USB-ZIP模式启动。