澳门外港码头和凼仔码头的区别如下：
1.澳门外港客运码头：
简称“外港码头”，俗称“港澳码头”，位于澳门半岛海港前地，是澳门其中一个出入境口岸。码头原设于现时友谊巷和海港街位置，即现时治安警察局出入境事务厅大楼，鉴于设施不敷应用，澳门政府于1988年决定在水塘以南填海地兴建一个新客运码头，并于1989年开始动工，1993年落成正式启用。外港客运码头的主体建筑面积为65,000平方米，设14间候船室、贵宾厅、海关和出入境设施等。码头可停泊12艘喷射船和两艘客轮，直至2011年4月，提供往返香港上环、尖沙咀、屯门、香港国际机场、中国广州南沙港、深圳福永及蛇口客运航线。现时航线分别由喷射飞航、新渡轮(澳门)、西北航运及金光飞航提供，由外港客运码头前往香港航程约为一小时。
2.澳门凼仔码头：
又称北安码头。位于澳门凼仔新填海区，原只属辅助性质，现提升为对外口岸。码头扩建后，预算提供来往澳门至香港、珠三角地区之高速客轮服务;同时码头天台亦设置直升机停机坪，提供来往港澳的直升机航班。澳门回归后有关当局考虑到外港码头的承接能力已经达到饱和状态，决定把北安码头扩建，期间设置了凼仔临时客运码头，临时码头于2007年10月16日落成启用。