按应发工资总额来算。
应发工资是企业对职工的一种负债，是企业使用职工的知识、时间、精力，而应给予职工的一种补偿。
实发工资是在应发工资的基础上扣除企业“替”职工交给国家有关部门（社保部门、税务部门等）的款项后而发放的金额。“替”也就是说企业是一个中间人，替职工代交的款项其实是职工个人的负债，企业只是起一个传递的作用。
举个栗子吧！比如说某职工损坏了公司的贵重财物，个人需要赔偿3000元，赔偿款从个人工资中扣除，假如说这个职工的工资就是3000元，在不考虑社保、
个税的情况下，这个职工的应发是3000，而实发是0，对企业来讲3000是企业应付职工的一项负债，只不过发放方式改变而已，另外职工对企业的负债也是3000，相抵后实发就是0。对企业来说这3000也应该包含在当月的工资总额中。
其实社保、个税的道理跟这个是一样的。假如一个公司每月15号发放上月工资，月初企业先替职工把社保个人负担部分先垫上上交给国家，发放工资的时候再从职工的应发工资中扣除企业垫付的部分。应发工资是企业对职工的负债，企业垫付的部分是职工对企业的负债。
不知道这么讲大家能不能理解、认同。有说的不对的还请指教。