学术界对《西游记》的评论广有争议，而其根本性的分歧，多集中于对西天取经部分的理解和评价。
否定论者认为，《西游记》的前七回孙悟空闹天宫部分，是个序幕，后面八十余回西天取经部分才是主体；原先与神佛抗争、搅乱了天宫秩序的魔头孙悟空，被降伏后皈依了神佛，在佛菩萨的授意、支持和约束下，保护着唐僧西天取经，沿途与各种妖魔作斗争，行满功完，终成正果，明显地是宣扬“佛法无边”，鼓吹“改邪归正”、“辅正除邪”，基本思想倾向是不可取的。
多数评论者认为，《西游记》是一部神魔小说，不能机械地与现实社会中农民的起义、受招安作比附，闹天宫的孙悟空与西天取经的孙悟空，斗争的对象虽然不同，但其性格和斗争精神仍然是一致的，取经路上对神佛也不甚驯服；在八十一难的具体描写中，对神佛仍多揶揄、嘲弄，其中还曲折地反映了对明代社会的黑暗、朝政的腐败和皇帝的昏乱的讽刺、抨击，具有一定的宗教批判和政治批判的内容。所以，这部神魔小说仍应视为古代长篇小说中的杰作。
细按这两种意见，应当说是都有一定的根据，都有一定的道理。有的评论者提出所谓“主题转化”说、“离之则双美，合之则俱伤”说，便表明他们也认为《西游记》的前、后两部分是不甚协调的，否定论者也不无一定的道理。分歧的发生在于这两种意见各有着重和强调，也各有所忽视和不周延之处。否定论者是着眼于这部小说的大情节，即故事的宗教性质和其基本情节间架，而忽略了小情节，即故事的基本情节间架中所包含的许多具体的细节。也就是说，他们仅仅抓住了孙悟空始于抗争、终于归顺这条情节主线，用现在人们惯用的依据情节主线归纳主题的方法，于是得出了否定性的评价。肯定论者则是着眼于这部小说小情节，特别是西天取经部分对一些国度的描写和对神佛世界的揶揄、嘲弄，而轻易地丢开了故事的基本情节及其宗教说教意义。这样，自然就做出了肯定性的评价。这里似乎可以用得上这样一句话：两个片面构成一个全面。对《西游记》的这两种分歧意见，正好表明了一种事实：这部神魔小说是存在着大情节与小情节的矛盾，其内在的思想倾向与题材是相背离的，写的是宗教故事，而细部却充溢着对宗教的嘲弄、对神佛的揶揄，表现了一定程度的离经叛道的倾向性。
西天取经故事本是宗教传说，本身就体现着崇佛的思想。它原本于唐代玄奘法师天竺取经的史实，后经寺院俗讲的传播，变为旨在弘扬佛法的神怪故事。今存《大唐三藏取经诗话》，就带有宗教文艺的性质。嗣后，变为市井说话的材料，以及编成戏曲上演，性质上有了一些变化，取经的主角由唐僧变为猴行者，与妖魔化身斗法的内容和趣味增多了，但仍然表现着崇佛的思想。
吴承恩作《西游记》，也还是沿用了胚胎于宗教意识的唐僧取经的故事，并未打破其间架、格局，自然也不能完全改变这个故事本身的宗教性质，并且在诗赞中也说了一些崇佛的话，同时，他也沿袭并发展了经宋元说话所造成的着意写斩妖除怪化身斗法的倾向，如鲁迅先生所云：“作者构思之幻，则大率在八十一难中。”(《中国小说史略》第十七篇)但是，更为重要的是，他用一副深谙人情世态的眼光，用一种愤世嫉俗、甚至是玩世主义的态度，使这个宗教神话故事增添了世俗的生活内容，带有了世俗生活的色彩。不论是取经人，还是西天路上的异邦君民、妖魔鬼怪，都是一副世俗人的性格，连宗教信徒们视之为庄严神圣的神佛，及其统治的世界，无论是天宫、地府，还是西方净土，都被世俗化了。
神佛是人根据人的特点创造出来的精神偶像。宗教家把神佛抬到天上，摆在人世之外，尽量使之与世人有别，庄严神圣，法力无边，从而使人敬畏和虔诚信仰。而吴承恩作《西游记》却反其道而行之，把神佛从天上拉回到人间，抹去其神圣的灵光，还给他们以世俗人的情欲和性格。乌鸡国王偶然误犯了文殊菩萨，这位佛菩萨便差遣他的坐骑青毛狮子幻形入世，霸占了王位，将国王推到井底，浸了三年，以报“一饮一啄”之仇。玉皇大帝本是个平庸无能的懦夫，但由于风仙郡侯一时任性，推倒斋天供桌，唤狗吃了祭品，他竟然施以惩罚，使全郡大旱三年，弄得“井底无水，泉中无津，富民聊以全生，贫民难以活命”。神佛也，心胸狭隘，以恶报怨，哪里有大慈大悲？天宫并不威严，孙悟空一条棒子就搅得乱作一团，玉皇大帝束手无策}王母瑶池的蟠桃会，也不那么玄妙，孙悟空弄点神通，便给搅散了。如来佛是灵山圣地，号称“净土”，也并不真“净”，这位佛祖竟然以传经作交易，认为昔日传经只讨得三斗三升米粒黄金，是“忒贱卖严，于是唆使柯傩、伽叶两位尊者，向取经人索取人事，真是绝妙的讽刺！
在那个时代里，神佛是不容侮慢、亵渎的。在《西游记》里，秉性顽皮的孙悟空每每对神佛作大为不恭的调佩、嘲弄，说如来佛是“妖精的外甥”，诅咒观音菩萨“该他一世无夫”。对道教祖师的轻蔑、亵渎更甚，孙悟空不仅在天上对太上老君多次捉弄、戏辱，而且在车迟国还让猪八戒将三清神像丢到毛坑里，让它们享秽物，受臭气。对神佛的这种大不敬，显示着对宗教的嘲谑，并在一定程度上显示着宗教偶像的虚假性，至少是可以让读者减弱对宗教神佛的虔诚信仰。这样，也就与小说的宗教题材形成了矛盾，造成了小说自身的内在不协调。
《西游记》的这种题材的宗教性质与揶揄神佛、嘲谑宗教的思想倾向的矛盾，显然是由这部神魔小说的成书过程、创作特点所造成的。但是，这并非偶然的奇特现象。我们知道，在哲学、文学、宗教等领域里，它们的发展一方面都有其先驱者提供的而它便由以出发的特定的思想材料作为前提，一方面又受着经济发展条件的影响。经济发展条件的影响是基础，但经济发展条件并不创造什么，其影响也是间接的，只是决定着现有思想资料的改变和发展的方式。所以，在这些领域里，常常出现旧体系、旧语言形式包含着新思想、新内容的情况。马克思在分析重农学派“体系的资产阶级外貌和它的资产阶级实质”的矛盾时，以哲学的发生为例子，说过这样一段话：“哲学最初在意识的宗教形式中形成，从而一方面它消灭宗教本身，另一方从它的积极内容来说，它自己还只在这个理想化的、化为思想的宗教领域内活动。”(《剩余价值理论》(中译本)第一册第26页)《西游记》也正类似这种情况。
《西游记》产生于明中叶。当时，封建主义和宗教思想还占着支配地位。嘉靖皇帝特别尊崇道教，道士邵元节竟做了礼部尚书，《西游记》就有反映。但是，随着社会经济条件的发展，意识形态领域出现了一股非儒薄经、反封建礼教、反禁欲主义的思潮。李贽是这般思潮的闯将，被称为“异端之尤”。在文学领域里，有公安派主张独抒性灵的文艺观，有徐渭、冯惟敏的嘲笑宗教禁欲主义的杂剧，有汤显祖的反对封建礼教、为青年人的青春和爱情呐喊的传奇，构成了具有人文主义色彩的浪漫主义文学思潮。吴承恩并非一个宗教信徒。西天取经的宗教故事在他的重新创作中，发生了内在的性质的变化，产生了与宗教相背离的思想倾向，正是那个时代的历史特点所造成的，与那股社会思潮是息息相通的。
《西游记》的这种矛盾，既表现了它的历史进步性，使原来的宗教故事不再是单单弘扬佛法，内里包含了揶揄神佛、嘲谑宗教的内容，朝着摆脱宗教迷信的方向迈进了一步；又表现了它的局限性，揶揄神佛、嘲谑宗教的思想倾向，毕竟还装在宗教故事的框子里，还有着一副宗教故事的外貌。明乎此，对这部神魔小说的评价，也就不难论断了。
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