一、区别：
1、南亚地区除喜马拉雅山脉为高原山地气候、
马尔代夫为赤道多雨气候（热带雨林气候）、巴基斯坦西南部塔尔沙漠为热带沙漠气候外，其余地区均为热带季风气候。热季是每年3～5月，极端高温可达55℃以上，降水量季节分布极不均匀，11月到次年5月（旱季）基本上没有降水，6～10月（雨季）集中大量降水（喜马拉雅山南麓可达1.5万毫米以上），乞拉朋齐为世界“雨季”。南亚地区全年酷热难耐，年平均气温超过30℃的地方很多，气温日较差很大，极端高温常常可以超过40℃。
2、
东南亚分大陆部分（中南半岛）和海岛部分（马来群岛），缅甸北部属高原山地气候和部分亚热带季风性高原气候，中南半岛大部分地区、海南岛、
西沙群岛、中沙群岛和菲律宾群岛北部属于热带季风气候，马来群岛大部分和马来半岛属于赤道多雨气候（热带雨林气候）。中南半岛中部和北部气候与南亚相似，终年极端酷热，降水集中在雨季且雨季降水量特别大，热季为3～5月；马来群岛大部分地区、马来半岛全年高温多雨，但极端最高气温很少超过45℃，降水有雨季、旱季的区别但季节分布不像南亚次大陆那么明显，年降水量约3000～4000毫米（不如南亚喜马拉雅山南麓多）。
二、原因：
①海陆位置不同：南亚除马尔代夫、
斯里兰卡两个岛国外，其他地方都在南亚次大陆上，气候的大陆性明显，甚至在印度河下游塔尔沙漠还有热带沙漠气候分布；东南亚分为大陆地区和海岛地区，气候的海洋性远远超过南亚。受海洋调节，东南亚极端高温没有南亚那么高，气温日较差比南亚小，降水量季节差异没有南亚那么明显。
②纬度位置有差异：南亚全境除马尔代夫南部外基本上在北半球（赤道以北）；东南亚被赤道穿过，地跨南北半球，最南端已经到10°S以南。总的来说，东南亚纬度比南亚更低，地理位置更加偏南，因此有大片区域属于赤道气候；而南亚纬度比较高，所以赤道气候分布范围很小。
③地形地貌不同：南亚北部有喜马拉雅山脉，平均海拔超过7000米的高大山脉阻挡了来自冬季西伯利亚的东北季风南下，加剧了南亚气候的酷热；另外在雨季喜马拉雅山脉还阻挡了势力强劲的西南季风北上，南亚位于迎风坡一侧，降水量特别巨大。东南亚中南半岛北部是中国云贵高原，马来群岛（包括中国海南省）以北是中国大陆、台湾岛、
琉球群岛和西太平洋广大海区；云贵高原海拔远不如喜马拉雅山脉和青藏高原，地势也没有喜马拉雅山脉和青藏高原起伏那么大、那么崎岖，对东北季风削弱作用远远不如喜马拉雅山脉；中国大陆、台湾岛、琉球群岛更是无法削弱冬季来自西伯利亚北部的西北季风。这导致了东南亚大多数地区会受到大陆季风的影响，气温相对偏低，降水量也不如南亚。
④主要影响当地的海洋季风也不同：南亚只受印度洋西南季风影响，该季风来自赤道以南的南印度洋地区，往西北方向越过赤道后受北半球地转偏向力影响变成西南风，因而势力特别强劲；东南亚西部主要受西南季风影响，东部主要受东南季风影响。东南季风势力远不如西南季风强大，所以东南亚大部分地区降水都不及南亚。