处罚污水处理厂不正常运行的法律规定有，排放水污染物超过国家或者地方规定的水污染物排放标准，或者超过重点水污染物排放总量控制指标的，由县级以上人民政府环境保护主管部门按照权限责令限期治理，处应缴纳排污费数额二倍以上五倍以下的罚款。
法律分析
排放水污染物超过国家或者地方规定的水污染物排放标准的，排放国务院或者省、自治区、直辖市人民政府确定实施总量削减和控制的重点水污染物，超过总量控制指标，排放水污染物超标或者超总量，但有下列情形之一，法律法规相关条款另有特别规定的，适用特别规定，不适用限期治理，建设项目的水污染防治设施未建成、未经验收或者验收不合格，主体工程即投入生产或者使用的，根据相关法律规定，建设项目投入试生产，其配套建设的水污染防治设施未与主体工程同时投入试运行的，不正常使用水污染物处理设施，或者未经环境保护行政主管部门批准拆除、闲置水污染物处理设施的，违法采用国家强制淘汰的造成严重水污染的设备或者工艺，情节严重，对于污水超标排放行政处罚裁量标准是为了更好的规范我们国家的企业，更好地维护好我们生存的环境来制定的。对于污水超标排放的行政处罚也是相当的严格的，我们国家对于这个问题的重视性显然是非常的高的，所以说我们一定要积极配合有关部门进行检查。
法律依据
《全国人民代表大会常务委员会关于修改《中华人民共和国水污染防治法》的决定》 四十六、 将第七十四条改为第八十三条，修改为：“违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正或者责令限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭：“（一）未依法取得排污许可证排放水污染物的；“（二）超过水污染物排放标准或者超过重点水污染物排放总量控制指标排放水污染物的；“（三）利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞，私设暗管，篡改、伪造监测数据，或者不正常运行水污染防治设施等逃避监管的方式排放水污染物的；“（四）未按照规定进行预处理，向污水集中处理设施排放不符合处理工艺要求的工业废水的。”
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