湿地修复工程是利用生态学原理，应用自然界中物质循环转化并最终得以净化的一些规律，辅以少量人为强化的工程措施对工程进行调整，以少花费来达到防治环境污染的目的。所参考的生态学原理主要有：
1.生态适宜性原理和生态位理论
在工程设计时先调查区域内的自然生态条件，如土壤性状、光照特性、温度等，根据生态环境因子选择适当的生物种类，让最适应的植物或动物生长在最适宜的环境中，以发挥其最大的净化功能和景观效益。同时又要避免引进生态位相同的物种，尽可能使各物种的生态位错开，使各种群在群落中具有各自的生态位，避免种群之间的直接竞争，保持群落的稳定。
2.生物多样性原理
根据生物多样性和环境污染状况存在着对应的关系，利用生物多样性指数来对环境的污染状况作生物学的监测。在水体治理中，通过投放、放养布置适当的各类生物，通过各种措施为生物创造适宜的环境条件，最终使生物恢复到种类繁多而均衡，物流能留畅通，自我净化修复能力极强的洁净状态下的生态体系。
3.食物链原理
通过放养滤食性生物、食草鱼、布置合适的水生植物种群体系，使水体中的有机污染物大部分被降解转化成稳定的无机物，一小部分被同化合成为水生生物以水产品的形式从水体中捕获采收取走，以达到降低污染物浓度的目的。
4.生物间互利共生原理
利用生态系统中生物之间的相生、相克关系，促使清洁状态良性循环系统中出现的生物种类生长，通过捕食作用使种群内生物的数量保持在一个合适的范围内，并使生物多样性保持在一个较高的水平上。