圆明园文源阁所藏《四库全书》，火烧圆明园时被焚毁。
《四库全书》全称《钦定四库全书》，是清代乾隆时期编修的大型丛书。在清高宗乾隆帝的主持下，由纪昀等360多位高官、学者编撰，3800多人抄写，耗时十三年编成。分经、史、子、集四部，故名“四库”。据文津阁藏本，共收录3462种图书，共计79338卷，36000余册，约八亿字 。规模是《永乐大典》的3.5倍。
乾隆四十七年（1782年）初稿完成，乾隆五十七年（1792年）全部完成。 乾隆帝命人手抄了7部《四库全书》，下令分别藏于全国各地。先抄好的四部分贮于紫禁城文渊阁、辽宁沈阳文溯阁、圆明园文源阁、河北承德文津阁珍藏，这就是所谓的“北四阁”。后抄好的三部分贮扬州文汇阁、镇江文宗阁和杭州文澜阁珍藏，这就是所谓的“南三阁”。
《四库全书》完成至今的两百年间，饱经沧桑，多份抄本在战火中被毁。其中文源阁本在1860年英法联军攻占北京，火烧圆明园时被焚毁，文宗、文汇阁本在太平天国运动期间被毁；杭州文澜阁藏书楼1861年在太平军第二次攻占杭州时倒塌，所藏《四库全书》散落民间，后由藏书家丁氏兄弟收拾、整理、补抄，才抢救回原书的四分之一。文澜阁本在民国时期又有二次补抄。
民国三年（1914年）在杭州图书馆第一任馆长钱恂的支持下，由徐锡麟二弟徐仲荪及其学生堵福诜自费补抄，历时7年，史称“乙卯补抄”。民国十二年（1923年），时任浙江教育厅长的张宗祥得知徐仲荪、堵福诜的义举后，十分感动，但他知道“修补”量相当浩大，单靠几个人很难完成，必须由政府牵头。在他的重视下，补抄人员增加到百余人，费用全部由浙江籍人募集，徐仲荪任总校，堵福诜任监理，历时两年，史称“癸亥补抄”。解放初，由于徐仲荪和堵福诜修补《四库全书》有功，他们俩的画像曾被悬挂在杭州文澜阁，以志纪念。
1966年10月，当时正处于中苏关系紧张时，为保护《四库全书》安全，林彪下令将文溯阁《四库全书》秘密从沈阳运至兰州，藏於戈壁沙漠中。辽宁有关人士要求归还，以书阁合璧。甘肃方面也修建藏书楼，加强保护。文溯阁《四库全书》其最终归属仍处争议中。
2008年后《四库全书》大部分内容已经恢复。如今《四库全书》只存3套半，其中文渊阁本原藏北京故宫，后经上海、南京转运至台湾，现藏台北故宫博物院（也是保存较为完好的一部）。文溯阁本1922年险些被卖给日本人，现藏甘肃省图书馆。文津阁本于1950年由中国政府下令调拨到中国国家图书馆，这是唯一一套原架原函原书保存的版本。而文澜阁本则藏于浙江省图书馆。
2014年4月15日，一套原大原色原样复制的《四库全书》（文津阁本）运抵江苏扬州天宁寺万佛楼，18日开始对外展出。这套全书耗用手工宣纸6000刀、楠木函盒6144个、书架128个，它的复制从数码拍摄、数据修正、试制、正式生产到完工，前后历时十余年。