大清入关最大功臣自然应该是吴三桂，吴三桂协助大清迅速击败大顺政权后，又作为大清的急先锋，南下消灭各地的明朝割据武装，其中功劳最大的一次便是俘获南明皇帝之后，为表忠心，亲手用弓弦扯死了这个南明皇帝。由于吴三桂在镇压云贵地区顽强的南明割据政权立下了赫赫战功，大清国初期从来不会亏待这样的勇士的，于是平西王府成为了云贵地区实际上的统治者。
这种分封异姓王的事情在中国历史上已经很多年没有看见过了，对立下大功的异姓者进行裂土封王最为流行的时候那应该是汉初，至于明朝，终明一朝，异姓为王者，仅仅是为云贵地区的云南沐王府。
首先了解下明清在云贵地区设藩王原因
第一，因为云贵地区地势险要，当地豪族部落分布极为松散，若设普通政府很难管理，当地土著首领土司更是拥兵自重，实力非同一般，甚至有大量土司家族更是传承千年之久，若是寻常政府，只怕轻易无法震慑。
其二，云贵地区自古以来容易产生大量精兵猛将，当地人凶悍异常，往往是极为重要的兵源之地，一旦中央对此失去管控，极易产生各种层出不穷的割据政权——新中国建国之后，云贵地区尚且还有割据一村称帝的闹剧。
其三，云贵地区治安极为低下，由于当地地形复杂，落草为寇之人往往熟悉地利，普通中央派遣官员无法迅速适应，尤其是如果有前朝残余势力渗透于此，若是不设藩王重镇，必然整个云贵尽落敌手，之后纵横捭阖，荼毒四方。
因此，满清入主后，云贵地区也急需要一个藩王，就像明朝的沐王府一样，而满清就顺势选择了大功臣吴三桂。
当然选择吴三桂或许也是清统治者的无奈之举，当时大清入关之后，多路并进，明军基本上都是望风而逃或者顺手投降，在西南，清军本以为依旧是如此顺利，于是水陆并进，打算收编这个小政权，照旧在战后找个部门接管安置。
可没想到，负隅顽抗的这个西南小朝廷居然抵抗极为激烈，甚至给大清国造成了严重伤亡乃至影响了整个全局。此后不得不任用吴三桂亲自下场，吴三桂熟悉情况，并且熟练掌握小朝廷弱点，不久就俘获皇帝，并处死皇帝。吴三桂功劳太大，满清没有办法，只能数功并算，成人之美，直接一个平西王的大帽子给他扣上去。
说完了平西王，我们再来了解下云南巡抚
云南巡抚其实不是有清一朝独有，早在明朝时期就已经存在了，起初是为了提高工作效率而设置的，比如处理三司混乱问题，或者是帮助沐氏平定叛乱（当时的沐氏一代不如一代）。不过后来随着时间推移，一切解决后，云南巡抚更多的是行监视职责了，其实在这有些方面似乎像是汉时期太守与刺史之间的味道。
而清朝设立云南巡抚当然也有和明朝一样的考量，藩王权力太大，需要制约，更何况清统治者当时没办法，选的还是吴三桂这种老狐狸，制约就更需要了。
不过虽说云南巡抚可以制约这个云贵藩王，但在吴三桂时期，巡抚是被平西王完全压制，一点制约作用都没有起到。为什么这样说呢？比如清朝第一任云南巡抚，由洪承畴荐举的林天擎，他在当时完全是平西王吴三桂藩下人员，后来吴三桂造反，他则直接跟随。
吴三桂这个异姓王，其实理论上与汉初那些异姓王和没有任何区别——也就是说，吴三桂在他的领地就是“皇帝”，拥有建立军队、安排官员、收纳赋税的天然权力。云南巡抚当时完全是属于他的藩王权力范围，不存在任何制约作用。因此，毫无疑问云南巡抚的地位是被平西王吴三桂完全碾压，云南巡抚在吴三桂时期不过是个下属部门，帮助吴三桂处理一些事务。
这种现象一直持续到吴三桂势力消亡，云南巡抚才算稍微好了点，但不久朝廷又把平西王府改成了云贵总督。这个著名的大清八大总督之一。在晚清时期，一般云贵总督都会兼任云南巡抚。