根据上述主要职责，国有资产监督管理委员会设18个职能机构：
(一)办公厅(党委办公室)
负责协助委领导处理机关运转的日常工作；负责委机关文秘、会议、机要、保密、信息、档案、安全工作；负责党委会和委主任办公会议决定事项的督办工作；负责委机关财务工作；负责委机关信息化工作；负责信访工作(对外可使用委信访办公室名义)；负责联系行业协会。
(二)政策法规局
研究起草国有资产管理和监督的法律法规草案，负责有关法规和重大政策起草、拟订的协调工作；研究国有企业改革和发展中的有关法律问题，负责指导国有企业法律顾问工作；承担委机关的法律事务。
(三)业绩考核局
拟订并组织落实国有资产经营责任制度，研究和完善授权经营制度并对授权企业进行监督，研究提出业绩合同等企业资产保值增值目标管理的方法并组织实施；综合研究国有经济和重点企业的运行状况；根据各方面对所监管企业的评价意见，综合考核所监管企业的经营业绩；研究提出重大决策责任追究的意见和措施。
(四)统计评价局
负责国有资产的统计和所监管企业财务决算备案工作，建立国有资本金统计信息网络，根据有关规定对外发布统计信息；建立和完善国有资产保值增值考核办法，拟订考核标准；建立和完善企业绩效评价体系并负责组织实施；拟订国有企业清产核资的政策及制度、办法，组织所监管企业清产核资工作；按照国家有关规定，负责所监管企业资产损失核销工作。
(五)产权管理局
研究提出改革国有资产管理办法和管理制度的意见，拟订国有资产产权界定、登记、划转、处置及产权纠纷调处等方面的规章制度和管理办法；负责所监管企业国有资产产权界定、登记、划转、处置及产权纠纷调处等工作；负责所监管企业资产评估项目的核准和备案；对所监管企业国有资产进行预算管理，对资本收益的使用进行监督；审核所监管企业资本金变动、股权转让及发债方案；监督、规范国有产权交易。
(六)规划发展局
研究提出国有经济布局和战略性调整的政策建议，指导所监管企业进行结构调整；审核所监管企业的发展战略和规划；对所监管企业重大投资决策履行出资人职责，必要时对投资决策进行后评估；协助所监管企业解决发展中的有关问题。
(七)企业改革局
研究提出国有企业改革的方针政策；指导国有企业的现代企业制度建设，完善公司治理结构；研究所监管企业合并、股份制改造、上市、合资等重组方案和国有资产经营公司的组建方案，对其中需要国有股东决定的事项提出意见；研究提出发展具有国际竞争力的大公司大企业集团的政策、措施；指导所监管企业的管理现代化和信息化工作。
(八)企业改组局(全国企业兼并破产和职工再就业工作办公室)
编制并组织实施国有企业兼并破产计划，研究提出有关债权损失核销和职工安置等方案；组织协调债转股工作；组织协调所监管企业的合并、分立、解散、清算和关闭破产、困难企业重组工作，协调解决企业改组中的重大问题。
(九)企业分配局
拟订国有企业收入分配制度改革的指导意见；根据国家有关规定，对所监管企业工资分配的总体水平进行调控，研究拟订所监管企业负责人的薪酬制度和激励方式并组织实施；指导所监管企业分离办社会负担、主辅分离和辅业改制、富余人员分流工作，配合有关部门做好下岗职工的安置工作。
(十)监事会工作局(国有企业监事会工作办公室)
根据《国有企业监事会暂行条例》，负责监事会的日常管理工作。
(十一)企业领导人员管理一局
(十二)企业领导人员管理二局
以上两个局的主要职责是：根据有关规定，承担对所监管企业领导人员的考察工作并提出任免建议；考察推荐董事、监事及独立董事人选；探索符合社会主义市场经济体制和现代企业制度要求的企业领导人员考核、评价和选任方式；研究拟订向国有控股和参股公司派出国有股权代表的工作方案。
(十三)党建工作局(党委组织部)
根据有关规定，负责所监管企业党的组织建设和党员教育工作。
(十四)宣传工作局(党委宣传部)
根据有关规定，负责所监管企业党的思想建设、精神文明建设和宣传工作，指导所监管企业的思想政治工作和企业文化建设工作；负责对外宣传和新闻工作。
(十五)群众工作局(党委群众工作部、党委统战部)
根据有关规定，协调所监管企业的工会、青年、妇女工作，承担所监管企业共青团工作委员会的日常工作；负责所监管企业维护稳定方面的工作；指导所监管企业的统战工作和知识分子工作。
(十六)研究室
负责研究总结国有资产管理体制改革的理论和实践经验；负责调查研究所监管企业的改革发展、党的建设、领导班子建设和社会主义精神文明建设等重大问题；负责重要文件和报告的起草工作。
(十七)外事局
负责委机关和直属单位的外事工作，开展国际交流与合作。
(十八)人事局
按照管理权限，负责委机关和直属单位的人事管理工作。
机关服务管理局(离退休干部管理局)
负责所属离退休干部机构、机关服务中心的各项管理工作；负责委机关和所属单位的国有资产、财务等行政管理工作；负责指导、监管所联系协会的国有资产和财务等工作。
机关党委
负责委机关和在京直属单位的党群工作。
为便于国有资产监督管理委员会、纪律检查委员会开展工作，国有资产监督管理委员会纪律检查委员会设综合室、一室、二室、三室、四室等5个室(副司级)。
