1、所属系统不同 执业药师是由国家人事部和食品药品局组织考试的，是属于药监系统的，而初级药师考试是有国家卫计委组织的，是属于卫生系统的。
2、报名不同 执业药师考试报名是在中国人事考试网报名，而初级药师的报名是在中国卫生人才网报名
3、用途不同 执业药师考取证书之后一般可以在药店用，每个药店必须配个执业药师，考生通过执业药师考试拿到证后，就可以去药店工作了。初级药师是技术职称，也就是说通过初级药师的考试后，就可以让单位聘任获得初级职称。
4、考试科目不同 执业药师考试科目有四门，分别为药事管理与法规、(中)药学专业知识1、(中)药学专业知识2、(中)药学综合知识与技能。初级药师考试科目是基础知识、相关专业知识、专业知识、专业实践能力。
5、报考条件不同 执业药师需要大专以上学历，还需要满足一定的工作年限才可以报考，以本科为例，毕业从事相关工作3年才可以考执业药师。如果考生本科学历，毕业一年就可以考初级药师。
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初级药师属于药学职称考试，药学本科需从事相关药学工作满一年即可报考，初级药师证是在医院上班用的，不能在药店使用。
执业药师证属于药店工作上岗凭证，只能在药店使用，药学本科需要从事药学相关专业满三年即可报考执业药师。本回答被网友采纳
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