一、定义不同：
PCR是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法，由高温变性、低温退火（复性）及适温延伸等反应组成一个周期，循环进行，使目的DNA得以迅速扩增,具有特异性强、灵敏度高、操作简便、省时等特点。
测序引物分自带引物和通用引物，自带引物为客户自行设计的PCR扩增引物或者载体及目的片段上设计的引物进行测序。
二、作用不同：
通用引物一般在购买载体时公司提供，一般测序引物如T7、SP6、M13等测序公司免费使用。
不仅可用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基础研究,还可用于疾病的诊断或任何有DNA，RNA的地方。PCR又称无细胞分子克隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。
三、适用不同：
PCR引物又称为寡核苷酸引物，也就是RNA，是由人工合成的，分为两种，引物1和引物2。由于DNA聚合酶只能从核苷酸链的5'端到3'端进行复制，也就是只能识别3'的尾端。
测序必须为特异性引物，不能为随机、兼并、不纯、带荧光标记、长度过长引物.测序引物长度一般要求在18-25BP，最长不超过30BP..PCR引物要求相对低一些.简单说来就是PCR引物可以用来扩增但是不一定适合测序。
扩展资料：
PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功，但遵循某些原则，则有助于引物的设计。
引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（False priming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因为这样会使引物在GC富集序列区错误引发。
参考资料来源：百度百科-引物