临床医学是建立在基础医学的基础之上的，临床医学的学生可以转基础医学，但基础医学的学生不能转到临床医学。另外还需要注意，基础医学专业的毕业生是不能考取执业医师的。
1. 专业学习的侧重点不同
基础医学研究医学基础学科，如解剖、生理、生化、微生物等等学术性内容，临床医学是以内外妇儿、五官科、眼科、皮肤科等等临床应用学科的内容，学习的课程涵盖几乎所有的医学课程，就是两个医学专业都需要学习基础+临床课程，只是重点侧向部分课程；同时，临床医学专业还有一年的临床实习期，这是基础医学没有的。
2.专业大方向和要求不同
基础医学主要是偏向理论学习和理论研究，其临床医学则更具实践性。学习基础医学需要学生识记和掌握很多的理论知识，同时要参与很多的理论实验，最终能验证某个医学理论或发展与创新某个医学理论，因而学习基础医学的学生要有学术潜质；而临床医学则要求学生胆大心细，直接面对病人，在学习理论知识的基础上应对各种突发情况、判断和处理各种疑难杂症。
3.专业培养目标不同
基础医学专业培养具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能，能够在高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作的医学高级专门人才。
临床医学专业本培养德、智、体、美全面发展，具有良好职业道德和人文素养，掌握基础医学和 临床医学基础理论、基本知识和基本技能，具备常见病、多发病诊治和预防能力，以及危、 急、重症的初步判断和处理能力，从事基层医疗卫生服务工作的高素质实用型医学专门人才。
4.就业方向不同
基础医学的毕业生今后主要从事研究工作，因而可以去各个研究所工作，或是在学校搞教学，或去生物技术公司、医疗技术公司等。另外，基础医学专业可以在大四申请出国读，去美德这些基础医学做得比较好的国家做研究也是不错的选择。
临床医学专注于实际操作，也就是最好当医生，可从事麻醉学、医学影像学、医学检验、放射医学、视光学 、医疗美容技术 、医学检验技术等多个方向的工作。
基础医学属于一级学科，主要是生物学和基础医学。基础医学主要课程有医学生物数、 医学生物化学、 医学生物物理学、 人体解剖学、 医学细胞生物学、 人体生理学、 人体组织学、 人体胚胎学、医学遗传学、 人体免疫学 、 医学寄生虫学、 医学微生物学、 医学病毒学、 人体病理学、 病理生理学、 药理学、 医学实验动物学、 医学心理学、 生物医学工程学、 医学信息学、 急救学、护病学等。
临床医学除了要学习以上的课程之外，还要学习包括： 临床诊断学、 实验诊断学、影像诊断学、 放射诊断学、超声诊断学、 核医诊断学、 临床治疗学 、职能治疗学、 化学治疗学 、生物治疗学、 血液治疗学、 组织器官治疗学 、饮食治疗学、 物理治疗学、 语言治疗学、 心理治疗学、内科学、 外科学、 泌尿科学 、妇产科学、 儿科学 、老年病学、 眼科学、 耳鼻喉科学、 口腔医学、 传染病学、 皮肤医学、 神经医学、精神病学、 肿瘤医学、 急诊医学、 麻醉学、 护理学，家庭医学、 性医学、 临终关怀学、 康复医学、 保健医学、 听力学等。