宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以获得单个样品的饱和数据量，可进行微生物群体的基因组成及功能注释，微生物群体的物种分类，多样性分析，群落结构分析，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了实验操作，提高了测序效率。此外，宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
技术流程
生物信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. 基于物种丰度分析：
?物种丰度列表
?稀释曲线
3. 基于物种丰度分析：
?丰度分布曲线图
?生物多样性指数（α多样性）列表
?物种丰度差异性分析列表
?多样品物种分布柱图
?丰度差异物种聚类分析
?PCA图
?Krona图
4. 基因丰度列表：
?提取基因分级注释丰度列表（KO、NOG、subsystem）
?功能基因列表
?生成venn图
?基因丰度差异性分析列表
?丰度差异基因聚类分析
?富集分析（KO）
样品要求
1、样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。
2、样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定适合，建议采用专用试剂盒提取。DNA浓度≥20 ng/μl，总量≥6 μg（荧光定量），并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样；组织样品﹥1.5 g。
3、样品保存期间切忌反复冻融。
4、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
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