如果该公务员是在两孩生育新政策实施前违法生育子女的，那还得接受当地计生部门的处理，同时还得接受党纪和政纪的处理。
公务员违法生育子女，处理将会加重。而且直到现在才被 发现，只能说明该公务员隐瞒了违法生育的事实。
请参见以下处罚规定
2016年国家实现
全面两孩政策前公务员生
二胎新政策,公务员生二胎的处罚
公务员超生第二胎罚款规定
因计划生育政策各省略有不同，因此，各省公务员超生罚款标准也有所不同，具体超生罚款标准由各省根据当地的城镇居民年
人均可支配收入和农村居民年人均纯收入为基数，按一定的比例和倍数来确定。具体看你所在省的规定。
一、重庆公务员超生罚款标准：
《公务员超生处分规定》
公务员违法超生一个子女的，给予降级或撤职处分；违法超生两个或者多个子女的，给予开除处分。
公务员违法未婚生育一个子女的，给予警告处分；未婚生育两个或多个子女的，给予降级或者撤职处分;情节严重的，给予开除处分。
二、河南公务员超生罚款标准：
1982年6月15日以后，违反政策法规规定生育或收养第二个及以上子女，隐瞒至今尚未处理的，不得担任领导职务，不得作为后备干部，不得推荐为有关人选。
对违反规定政策超生的党员，严格依照党纪和有关法规处理。
对违反规定政策超生的行政机关公务员，给予降级、撤职直至开除公职处分。
对社会公众人物违法超生、情节严重的，要公开曝光，严格依法处理。
三、《中华人民共和国人口与计划生育法》
第十八条 国家稳定现行生育政策，鼓励公民晚婚晚育，提倡一对夫妻生育一个子女;符合法律、法规规定条件的，可以要求安排生育第二个子女。具体办法由省、自治区、直辖市人民代表大会或者其常务委员会规定。
少数民族也要实行计划生育，具体办法由省、自治区、直辖市人民代表大会或者其常务委员会规定。
第四十一条 不符合本法第十八条规定生育子女的公民，应当依法缴纳社会抚养费。
未在规定的期限内足额缴纳应当缴纳的社会抚养费的，自欠缴之日起，按照国家有关规定加收滞纳金;仍不缴纳的，由作出征收决定的计划生育行政部门依法向人民法院申请
强制执行。
第四十二条 按照本法第四十一条规定缴纳社会抚养费的人员，是国家工作人员的，还应当依法给予
行政处分;其他人员还应当由其所在单位或者组织给予纪律处分。